为了解外源DNA导入对受体水稻基因组DNA序列的影响,探索受体基因组发生碱基变异的规律,为外源DNA 诱导水稻变异的研究提供数据。利用改良的花粉管通道法将玉米基因组DNA导入水稻受体日本晴中,获得的2个水稻变异株B1和B2,经AFLP分析,得到14条特异条带,对其序列分析发现：14条特异序列测序共得到3791个碱基,其中有144个碱基发生了突变,碱基总突变率为3.80%。特异带的产生是由于限制性内切酶识别序列的碱基或选择性碱基发生突变,或DNA片段的插入或缺失所致。发生单碱基突变的频次显著高于双碱基突变、连续三碱基突变和连续多碱基插入或缺失。发生碱基置换的位点频率(87.04%)显著高于碱基的插入(3.70%)和缺失(9.26%)。在碱基置换中,转换的频率(76.47%)显著高于颠换(23.53%)。上述结果表明,外源DNA导入水稻细胞可诱导受体碱基发生突变,且发生碱基置换的位点频率最高,在碱基置换中以转换为主。