为了探寻规模化猪场封闭舍内空气微生物和猪体微生物菌群结构、丰度之间的相关性,建立完善的消毒防疫机制,在山西省介休市某规模化猪场选取单栋饲养量为500头的半封闭保育猪舍1栋,分别采集舍内空气(n=9)、鼻腔黏液(n=7)、粪便(n=7)、猪组织器官(n=4)(喉头、气管、淋巴、肺部)共27个样本,对样本中的细菌进行16S r DNA(V3+V4区)高通量测序,分析微生物群落种类及丰度。结果显示:猪舍空气样本中的微生物群落种类和丰度最高,空气样本和猪鼻腔黏液、粪便、猪组织器官样本的微生物组成和相对丰度基本一致,所占比例最高的为厚壁菌门,其次为拟杆菌门,丰度较高的菌种为梭菌、链球菌、普雷沃氏菌、乳酸菌等;猪舍空气样本菌群中丰度较高的病原菌属为梭菌属和链球菌属。结果表明:保育猪舍空气、鼻腔黏液、粪便、猪组织器官中的微生物群落结构及其丰度具有较高的相关性,对猪场疾病防控有一定指导意义。