会计集中核算是国库集中支付改革之前的一种管理探索，对加强资金管理、强化财政监督、提高会计信息质量、整合财政资源、推进源头防治腐败等方面起到了一定的积极作用。但随着公共财政改革不断深化，会计集中核算与财政国库管理、预算管理越来越不相适应，会计责任主体模糊、预算单位会计信息的真实性难以监控、预算单位会计核算与财务管理脱节、财务管理上“越位”与“缺位”并存等矛盾日益突出。实行会计集中核算向国库集中支付转轨，即财政性资金由国库集中支付中心审核并集中支付，会计业务由各预算单位自行负责，由当前的会计集中核算改为部门核算，这是建立健全现代财政国库制度，推进财政科学化管理，规范和理顺部门职能关系的必然要求。
　　会计集中核算现状
　　在集中核算制度下，坚持“两统一、三不变”原则，即统一银行账户，统一会计核算；各核算单位管理体制不变，资金所有权、使用权不变。各单位纳入集中核算后取消原有的银行账户，由核算中心在银行统一开设账户，分户核算，各单位设一名报账员办理本单位的报账业务，会计核算中心代行核算单位的会计核算和会计监督职能，统一保管部分会计档案，及时提供会计信息资料。
　　会计集中核算向国库集中支付转轨的理由
　　（1）会计集中核算与当前财政体制要求不符
　　根据《财政部关于进一步推进地方国库集中收付制度改革的指导意见》（财库[2011] 167号）的要求，各地要着力推进会计集中核算向国库集中支付的转轨工作，限定时间，尽快完成任务。对于收支规模较大的县市区，要彻底恢复预算单位的会计核算权和财务管理权，实行规范的国库集中支付制度；收支规模较小的县市区，可以保留会计核算机构，将其职能转化为单纯的代理记账机构。无论采取哪种转轨模式，核算机构都不得保留实有资金账户。
　　（2）与《中华人民共和国会计法》（以下简称《会计法》）及新颁布的《中华人民共和国预算法》（以下简称《预算法》）不符
　　《会计法》明确规定：单位负责人对本单位的会计工作和会计资料的真实性、完整性负责；会计机构、会计人员依照本法规定进行会计核算，实行会计监督。《预算法》规定：各部门、各单位是本部门、本单位的预算执行主体，负责本部门、本单位的预算执行，并对执行结果负责。
　　（3）单位财务管理意识弱化
　　实行会计集中核算后，单位财务管理的主动性和积极性退化，过多依赖财政核算中心。一些核算单位错误地认为单位不管账，不用进行会计核算，从而忽视财务管理工作，尤其是忽视历年往来账务的控制和管理；对核算中心产生的会计信息不重视，本应由报账员及时传达到单位，与业务信息比对銜接，但有些单位财务负责人不看报表，不能及时发现问题、加强财务管理。这种管理上的缺陷，使核算单位的财务管理意识严重弱化，造成某单位报账员冒领公款一案问题的发生。
　　（4）会计责任主体不明确
　　实行会计集中核算后，对于同一项经济业务的处理权责不清。各单位不再设有会计机构和会计人员，只由报账员负责本单位原始单据的收集、整理、报账及出纳工作，单据的审核、记账及生成报表业务均由核算中心完成。这导致核算单位完全脱离会计核算工作，财政核算部门也只是被动的承担单位的会计核算工作，只能审查原始凭证的合法性、合规性，对于核算单位经济活动的真实性无法核查。造成了单位与核算中心会计责任主体不清，对于同一项资金所产生的经济责任，难以划清双方责任。
　　（5）国库集中支付制度已日趋完善
　　从2006年开始实行国库集中支付制度改革，在财政部门成立国库集中支付中心。从覆盖范围看，所有财政拨款的行政事业单位全部实行了国库集中支付制度；从资金范围看，预算内及非税资金都纳入国库集中支付管理。国库集中支付网络系统实现了财政、银行、预算单位的全覆盖，实现了预算执行的动态化管理。国库集中支付对各项财政性支出承担了财政相应的监管职能，减少了资金的中转环节，提高了财政资金使用综合效益，同时又能明确各预算单位会计主体的地位。
　　转轨工作面临的问题及方案
　　（1）转轨工作面临的问题
　　1.核算单位方面：
　　第一，核算单位有畏难情绪。实行会计集中核算后，各单位实行报账员制度，如前所述，一些核算单位的财务人员是兼职。转轨后，每个单位至少需要1-2名财务人员（会计、出纳或兼职出纳），单位的业务和人员都需要重新考虑，从而产生畏难情绪。
　　第二，会计人员素质不高。集中核算的行政事业单位中，有些单位的报账员没有会计从业资格证，特别是一些中小学报账员大多由老师兼任，还有些单位报账员会计专业水平有待提高。
　　2.财务软件及银行账户方面：
　　第一，财务软件。需要安装统一的网络版财务软件，实现财政部门和预算单位之间的互通。
　　第二，银行账户。集中核算中，核算中心统一开设实有资金账户和零余额账户。实有资金账户用于核算各单位因各种原因形成的往来款、质保金、理赔款等款项；零余额账户用于各核算单位财政授权支付和清算。转轨后，核算中心银行账户取消，各核算单位需自行开设银行账户。
　　3.财政局会计核算中心现有人员分流问题
　　（2）转轨方案
　　1.广泛宣传动员，确保转轨有序进行。实行会计集中核算及其转轨，涉及各部门单位，要在各层面取得共识。一是在前期调研论证的基础上，形成方案，由政府发文实施；二是转轨涉及预算单位人员调配和财政部门机构调整，需与人社部门衔接；三是通过多渠道，向各个层面宣传会计集中核算向国库集中支付转轨的重要性和必要性，取得部门理解支持和配合。
　　2.多途径提高财务人员素质。对没有专职财务人员或从事财务工作人员不具备会计从业资格的，限期到考取会计从业资格证书；或通过岗位调整，配备相应财务人员；确实不能配备的可以通过招聘充实。
　　转轨工作具体实施步骤：
　　鉴于转轨涉及面较广，几乎涉及区域内所有的行政事业单位，应稳妥推进，分步实施。
　　第一阶段：组织领导、宣传发动及准备阶段。
　　（1）成立改革领导小组，由政府分管领导任组长，财政部门、人社部门、审计部门主要负责人任副组长，各预算单位主要负责人为成员单位成员，办公室设在财政部门。
　　（2）通过各层面宣传发动，各预算单位充分认识转轨的必要性，尤其各主管部门和单位应高度重视，平稳有序做好财务人员培训、调整及配备工作，并对所属独立核算单位的转轨工作负责。
　　（3）人员调配到位，设备和财务软件采购，银行账户开设。
　　第二阶段：实施阶段。
　　分批次进行。第一批，选取规模较大，财务人员配备齐全的单位推行；第二批，推广到剩余全部核算单位。