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总结“二五”计划经验，部署制订“三五”计划
1964年10月31日，周恩来会见了10月下旬来到中国访问的老朋友、美国记者斯诺，谈到“二五”计划实现情况和“三五”计划制订的设想时说：“中国经济调整的任务已经基本完成，经济形势已经好转并要有新的发展。但是，中国人口多，从需要量讲，经济还很落后，要建成一个现代化国家，还需要相当长的时间。”最后，他还特别讲了自己的真切感受：“有一些事情，我们必须犯了错误以后，才能取得经验教训。不付这个代价，很难取得。”斯诺听后很受感动，说：谢谢周恩来给我一次“很有启发性的会见”。
当时，毛泽东对计划工作一直不满意，要求改变制订方法。1965年1月，周恩来根据毛泽东的意见，成立了一个由石油部部长余秋里、建筑工程部部长李人俊、浙江省委书记林乎加等参加的“计划参谋部”，又称“小计委”。“小计委”的主要任务是摆脱计委机关的日常工作，集中到国务院，专心拟定“三五”计划的方针和任务，研究战略问题。毛泽东特别交代，“小计委”由周恩来直接领导，国务院各副总理不要干预他们的工作。
从1965年2月上旬起，連续两个月内，美国加紧对越南北方进行大规模轰炸。怎样制止美国扩大战争的危险，和平解决越南问题，维护亚洲和世界和平，成为一个极端紧迫的问题。所以，从3月至7月将近四个月的时间里，周恩来不得不暂时放下国内的许多工作，着重处理国际事务，并为第二次亚非会议的召开做准备。尽管如此，按照周恩来的周密部署，编制“三五”计划的工作继续在国内紧张地进行着。6月16日，周恩来在出国参加第二次亚非会议前夕，曾到杭州和毛泽东一起听取余秋里关于编制“三五”计划和长远规划的一些问题的汇报。毛泽东根据时局的发展和备战的需要，对计划工作提出新的指导思想。他强调：“必须立足于战争，从准备打仗出发，把加强国防放在第一位；加快三线建设，改变工业布局，发展农业，大体解决吃、穿、用，加强基础工业和交通运输，把屁股坐稳，发挥一、二线生产潜力，有目标有重点地积极发展新技术。”讨论中，有人提出这样做是不是违反了以农业为基础、以工业为主体的发展经济的总方针，毛泽东说：“是要违反一下，不违反一下怎么行呢？是倒过来了。”“总而言之，第一是老百姓，不能丧失民心；第二是打仗；第三是灾荒。计划要考虑这三个因素。脱离老百姓，毫无出路，搞那么多，就会脱离群众。”后来，周恩来将毛泽东的这个思想概括为“备战、备荒、为人民”，并且解释说：“备战，备荒，落实到为人民。要依靠人民，首先要为人民。为人民是最基本的观念。任何事情要想到为人民，人民是力量的源泉。”周恩来强调说：“这是计划工作的战略指导，也是计划工作经验的概括。”
根据这个指导思想，周恩来在政治局会议上提出，制订“三五”计划要做到“四保”：保备战、保援外、保三线、保重点。他说：“这‘四保’是战略布局。减什么？不急需的，不落实的，非生产的。在设计方面要打破老框框。”怎样做到“四保”？周恩来用毛泽东的军事思想来解释：首先，“你打你的，我打我的”，用在建设上就是“你来也是这样，不来也是这样。你干你的，我干我的”。第二，“能打就打，不能打就不打”，用在建设上就是“能搞多少事就搞多少事，有多少钱办多少事”。第三，“集中力量打歼灭战”，用在建设上就是“一个一个行业排除”。周恩来还强调，要把计划搞落实，就要到前线，要组织工作组到主要的建设方面去，在那里看一看，还可以挖掘潜力搞节约。他希望当年投资控制在170亿元人民币，起个控制作用，好处是留有余地。周恩来说：“控制权，我在家就经过我送书记处批，我不在家直接找小平同志批。”他还提出，计划制订后不要因为一时的风吹草动就天天变。他说：“我们现在正在搞长期规划和第三个五年计划，如果天天变，还能办成事吗？”
出国归来后，周恩来立刻组织审议余秋里在杭州会议后拟定的“三五”计划的初步设想方案。7月22日至26日，他连续五个上午听取余秋里等人的汇报。周恩来在讲话中强调：“安排项目时，要从几个方面考虑，首先是要不要列这个项目？应不应该摆在这个地区？规模定得是否合适？速度如何？协作关系有无问题？要把这些情况摸清楚。无论是长期计划还是年度计划，都要分析项目，要注意布局、规模、进度和协作关系等几个方面的问题。同时，要考虑计划的执行有两种可能，一种是打起来，完不成计划；另一种是打不起来，就可能完成。”周恩来详细阐述了毛泽东关于“备战、备荒、为人民”的思想。他说：毛主席为什么要强调这三个问题？主要是帝国主义反动派和修正主义把我们作为主要敌人，我们也把他们作为主要敌人。所以，“我们就要备战，备战是长期的，帝国主义一天不消灭，我们总是要备战的。有了这个思想，事情就好办了。不但搞计划是备战计划，同时还要有备战的体制、备战的财政、备战的国防和备战的建设。总之，要有备战的思想，要有战斗的气氛、革命的气氛，这样就可以动员全国人民，又有可能做到少花钱多办事。为什么要备荒？我们是农业大国，农业人口多，因此以农业为基础的方针是长期的。我们有五亿人口，又是农业大国，备荒是一个大问题。在科学技术没有完全克服天灾以前，灾荒可以克服，但不能避免，农业还是基础。农业是基础，从备战、备荒来看，都要把农业搞好”。周恩来强调：“这三个因素，不是暂时的，是长期的，安排计划要经常考虑这些问题。”
由于“三五”计划的指导思想发生了很大的变化，计划指标重新做了调整，需要向各地区讲清情况，统一思想。会后，根据周恩来的建议，国家计委的负责人分赴各大区听取意见。本来华东地区想请余秋里到上海去同各省、市委书记谈一谈，但是，余秋里因为要到西南去调研，走不开。周恩来便决定自己到上海去，同华东地区的负责人交换意见。
8月15日，周恩来从上海回到北京。不久，余秋里等人也陆续回到北京。8月30日至9月8日，周恩来七次听取他们到各地调查研究的情况汇报，进行了认真的讨论。9月2日，国家计委拟出“三五”计划安排情况的汇报提纲。这份提纲提出“三五”计划的指导思想是：必须积极备战，把国防建设放在第一位，加快内地建设，逐步改变工业布局，发展农业生产，相应地发展轻工业，逐步改善人民生活；加强基础工业和交通运输的建设；充分发挥沿海地区的生产能力，积极地、有目标有重点地发展新技术，努力赶上和超过世界先进技术水平。提纲强调在“三五”计划期间一定要把建设重点放在三线，否则就会犯方针性错误。提纲接受周恩来提出的意见，把“三五”计划期间基本建设的总投资额定为850亿元人民币。 9月18日至10月12日，中共中央在北京召开中央工作会议，国家计委将这个提纲提交会议讨论，得到通过。周恩来评价说：“这个计划比较来说，搞得落实一些，更实际一些。同时，也把过去这十多年的建设初步总结了一下。所以，这个计划可以说是一个比较好的计划。”他还提出根据这一计划进行建设要有重点：“第一是农业，第二是国防，第三是援外，第四是大小三线，第五是基础工业。”
力阻“文革”破坏，坚持实施“三五”计划
由于“文化大革命”爆发，并没有形成正式的“三五”计划。但后来几个年度计划，周恩来和余秋里等负责经济工作的党中央和国务院的领导同志竭尽全力，严格防止和设法弥补“文革”的破坏，所以在五年中基本上都是根据周恩来主持制订的“三五”计划的基本方针来做的。
一是第一位的工作是抓农业。第三个五年计划的基本方针确定后，周恩来最担心的是“忽视农业”。余秋里向毛泽东汇报1966年的计划时，毛泽东说：“我们进口粮食，难道见马克思时还带着修正主义尾巴？”周恩来说：“这话给我的印象很深。”所以，他在制订和实施“三五”计划的过程中，总是首先紧紧抓农业。当时有干部讨论周恩来关于“三五”计划的讲话时提出：国防和农业哪一个放在第一位？还有的干部问：是否应该修改“三五”计划的指导思想，把以国防建设为中心改为“大力发展农业，突出国防”？周恩来解释说：“我的意思是，请大家千万不要忽视了农业。”强调“要抓紧、抓快、抓狠，要全民办农业”。他特别指出：“在整个形势下，中央要抓重点，注意北方几个旱的省。”他指的是山西、河北、山东、河南、陕西、北京和内蒙古等省、市、区，1965年的工业总产值占全国的40%左右，重工业产值占42.4%。但这几个省、市、区无一例外都要进口粮食。为此，1966年新年刚过，周恩来就抓北方几个省、市、区抗旱的大事，并专程到旱情严重的河北调查。
二是竭尽全力“抓革命，促生产”。1966年上半年，正当周恩来集中精力抓农业、部署华北抗旱、指挥邢台地震后的救灾等繁重工作之际，“文化大革命”爆发。对于这场所谓的“大革命”带来的极大混乱，对正在制订和实施的“三五”计划以及对整个国民经济造成的严重破坏，是他没有料到的，所以他只能根据毛泽东提出的“抓革命，促生产”的口号竭尽全力抓生产、保生产、促生产，千方百计避免和减少国民经济的损失。8月中旬，由北京发起的“红卫兵运动”，把“革命”迅速推向社会，开始冲击工农业生产。9月7日的《人民日报》发表了根据周恩来意见、由陶铸主持起草的《抓革命，促生产》的社论，号召各单位和业务部门应当分工，搞两个班子，一个班子抓革命，一个班子抓生产。当晚，周恩来在中国科学院辩论会场上，亲自宣讲这篇社论的主要观点，严肃地说：“我们不能看着科学院的尖端科学研究和许多重点实验像现在这样放在一边。凭我自己的责任来说，我不能看着这样的情况继续下去，即在这样一场革命的进行当中，使我们最紧急、最重要的業务工作受到影响。”不仅如此，9月8日，周恩来又正式起草了中共中央和国务院《关于抓革命、促生产的通知》（即“工业六条”）和《关于县以下农村文化大革命的规定》（即“农村五条”），要求各个生产地区和业务部门，应立即加强或组成各级生产指挥机构，坚守岗位，保证本单位革命和生产正常进行；学生、红卫兵不要进入县以下各级机关和社队、工矿企业、科研单位去串连。
针对一些地方发生的红卫兵与工农群众的矛盾纠纷，周恩来明确地说：“我们既要革命，还要生产，否则吃什么？用什么？所以，凡是生产的地方都不要影响，生产减少了于国于民都不利。”
在红卫兵大串连高潮的日子里，据周恩来的工作台历日记，他几乎天天都要仔细看工交部门的生产报表，哪个铁路局货运量减少了，哪个煤矿的产量降低了，哪个产品的原料供应不上了，他都亲自过问、查询，找有关领导研究解决问题的措施。周恩来和协助他抓经济工作的余秋里、谷牧等领导干部推心置腹地说：“你们可得帮我把住经济这个关啊！经济基础不乱，局面还能维持。经济基础一乱，局面就没法收拾了。所以经济工作一定要紧紧抓住，生产不能停。生产停了，国家怎么办？不种田了，没有粮食吃，人民怎么能生活？还闹什么革命？”
10月中央工作会议后，对于全国混乱加剧、许多工交企业的领导班子陷入瘫痪半瘫痪状态、生产指挥失灵、经济建设处于停滞的严重局面，周恩来心急如焚，极为焦虑，要求国务院分管领导和有关负责同志：“工厂和学校不同，生产不能中断。”“工交企业要业余闹革命，要坚持八小时工作制，要保证生产活动的正常进行。”11月9日晚，他又主持起草、讨论、审定《人民日报》的《再论抓革命促生产》的社论。在会上，他严厉驳斥那些只抓革命不抓生产的论调，重申：“生产建设决不能停滞和中断！”第二天发表的这篇社论，旗帜鲜明地强调：“抓革命，促生产”的方针，“不论在城市工矿企业、事业单位里面，在一切科学研究和设计部门里面，在农村里面，都是完全适用的，没有例外的，必须坚决遵守、时刻遵守的”。
三是果断处理破坏国民经济的重大事件。1966年9月10日，在我国最大的工业城市上海发生了沪宁铁路中断30多小时的“安亭事件”。周恩来知道后，当即要中央文革小组组长陈伯达加以制止，而被派去处理此事的中央文革小组副组长张春桥公然置中央和华东局及中共上海市委于不顾，擅自签字承认以王洪文为首的“工总司”是合法组织，承认他们的行动是“革命行动”。由此在全国开始了由产业工人组织造反、串连和工矿企业“停产闹革命”风潮，使“文化大革命”造成的混乱和损失进一步升级。陈伯达、张春桥支持的“安亭事件”和产业工人组织造反与串连以及工矿企业“停产闹革命”，都是否定和反对周恩来坚持“抓革命、促生产”的一系列正确主张和艰辛努力的。但以国家和人民利益为重的周恩来仍然果断地处理这类事件，多次批评类似事件，竭力维护铁路运输的正常秩序。11月16日，周恩来同江苏省委负责人通话，要求江苏省委出面做好拦车群众的工作，放行所拦车辆，明确指出：“这是关系到国家的信誉，关系到交通运输，关系到劳动人民。”18日，周恩来修改以国务院名义发给滞留在四川广汉（宝成铁路的一个站）的“成都工人造反团”的电报中严正指出：“请你们认真考虑：成千的工人同志来北京请愿，既不便于接待和会谈，也会影响你们工厂的生产。如果另一方面工人同志也照样来京，那将更影响生产。” 四是顶住高层压力抓计划抓工交。处理了“安亭事件”等破坏国民经济大动脉铁路正常运输秩序的多起事故后，周恩来集中精力着手抓计划会议和工交会议，研究部署工交系统“抓革命，促生产”的问题。但党内上层因为在“革命”和生产问题上积累起来的尖锐分歧，导致了一场激烈的争论。周恩来找余秋里、谷牧谈话，要他们一人抓计划会议，安排1967年国民经济计划；一人抓工交座谈会，研究工交系统“抓革命，促生产”问题。11月13日，陈伯达拿出一份由中央文革小组拟定的关于工交系统开展“文化大革命”的征求意见稿，公然“允许工厂成立派系组织”，“允许学生到工厂串连”等规定，要工交企业像学校一样闹“革命”，公开反对周恩来保持工交系统正常生产秩序的一系列主张和部署，其后果必然是打乱全国工交系统乃至整个国民经济的正常秩序。出席座谈会的负责同志一致反对陈伯达拿到会上的这个文件，拥护周恩来的一系列正确主张。谷牧按照周恩来的讲话和座谈会上的意见，整理出一份《工交企业进行文化大革命的若干规定》，一开始就遭到陈伯达的反对。11月22日晚，周恩来把争论的情况和《规定》向毛泽东汇报，毛泽东表示文件可以在听取工人意见后继续修改，争取12月发出。
然而，12月4日至6日，在林彪主持召开的听取工交座谈会情况汇报的中共中央政治局扩大会上，工交座谈会和《规定》遭到了严厉的批判。康生、陈伯达、张春桥、王力等人公然指责工交座谈会和《规定》提纲说：“工交系统的问题，比文教系统还严重。”林彪对工交座谈会下结论说：“这个会议开得不好，是错误的，思想很不对头。现在需要来一个一百八十度的大转弯。不能把文化大革命成果单是落在生产上，如果我们单以生产收获的多少来论文化大革命的成败，那是大错特错的。”
在林彪和中央文革小组联合施压的情况下，周恩来、陶铸、谷牧等试图通过“抓革命”来保生产、保经济的努力失败了，陈伯达等人起草的在工矿和农村开展“文化大革命”的两份文件以中共中央的名义正式发到全国。从此，“文化大革命”开始合法地进入工交、财贸、农业、科研等领域，“停产闹革命”风行全国。好在由于周恩来的竭力保护，参加工交座谈会的一大批领导干部在会上和会后没有受到过多的责难。
为弥补损失，周恩来又在12月10日，召集參加工交座谈会的一些省、市负责人开座谈会，他语重心长地劝大家：“要准备迎接汹涌的浪潮。大势所趋，万马奔腾来了，你根本挡不住，要因势利导，否则就会被冲垮。”他进一步明确要求：“组织好生产班子，把懂得生产的人都吸收进来，把生产搞好。”
五是毅然指示编制1969年国民经济建设计划。中共八届十二中全会后，作为政府总理的周恩来，无时无刻不在牵挂着国家的经济和人民生活的需要，牵挂着正同世界经济发展水平拉大差距的国内各项建设事业，毅然决定在筹备中共九大的同时制订1969年国民经济计划，为扭转国民经济连续两年滑坡的问题而进行一次重大而有效的努力。对此，余秋里回忆说：“进入一九六八年，经济形势更加严峻，工业生产继续全面下降。由于根本无法召开计划会议，这一年始终没能订出一个计划，是‘一五’计划以来唯一没有国民经济年度计划的一年。快到年底时周总理下了决心。十二月二十六日那天，我回家时已经是凌晨两点多了，刚进门总理就亲自打电话叫我去。我到总理处已是凌晨三点。总理疲惫至极，面带忧虑地对我说：‘今年只有五天了，明年计划还没有搞出来，一些重要的生产资料和人民生活必需品安排哪里生产，往哪里调运，没有计划怎么行呢！’我说，先找几个人先搞一个明年第一季度的计划，以便使工作有所安排。总理说：‘好！你赶快回去搞吧。’我回来后顾不上休息，就找了几位同志商量，搞出了一个第一季度计划安排方案，只提出几个关系国计民生的重要指标，立即报给了总理。总理审查同意后即报请毛主席审批。毛主席很快就批准了这个计划。这样，一九六九年一开头，总算有了个可供遵循的计划。”接着，周恩来抓紧在中共九大召开前夕，认真修改了计划编制小组草拟的《一九六九年国民经济计划纲要（草稿）》，3月24日，在国务院召开的历时一个多月的全国计划座谈会上做了重要的总结讲话，系统阐述1969年国民经济计划的各项任务。周恩来强调说：“做计划要实事求是，把困难摆出来；生产指标要实事求是，计划有不够确切或实在完不成的，还可以修改；要注意提高生产和基本建设质量。”最后，他特别强调：“年度计划和长远计划的立足点，都应放在‘备战、备荒、为人民’和‘抓革命、促生产、促工作、促战备’这样两条方针上，重点是‘以农业为基础，以工业为主导’。”
1969年的国民经济，由于周恩来对计划制订和生产管理都抓得很紧很实，改变了1967年、1968年两年生产连续下滑的局面。
六是狠抓军事工业。周恩来敏锐地抓住中共九大前后的有利时机，坚持按照“三五”计划确定的“备战、备荒、为人民”的指导方针，千方百计地狠抓军事工业。1969年2月，周恩来连日召开国防科研和军工生产部门负责同志会议，对海军新型舰艇的研制，空军歼击机、轰炸机的生产，以及高射炮、雷达、地空导弹等防御性武器的性能、规划、布局等，一一做出具体指示。中共九大期间担任秘书长的周恩来还专门挤出时间听取有关部门军管会和生产指挥负责人关于飞机生产质量的汇报，严厉批评某些领导干部不敢抓军工产品质量，取消检验制度，以致飞机生产屡屡出现质量事故，愤怒地说：“你们都是从空军来的，怎么能对同志的性命这样不负责任呢？你们为什么不敢抓？为什么不下命令恢复？你们就是怕事怕群众。我是早上看到报告的，看后非常难过，军事工厂哪能搞成这样！你们现在还说检验制度正在逐步恢复？不是逐步恢复，而是应当马上恢复！你们应当下命令嘛！改革不合理的规章制度，合理的还是要保留。”他着重强调说：对规章制度“一概取消是不符合毛泽东思想的，是不尊重科学的。不能违背科学”。“有些人要把一切制度砸烂，这是极左思潮！”
七是从备战高度狠抓航天事业与核工业等重大项目。在“文化大革命”的动乱岁月里，周恩来始终坚持贯彻执行“备战、备荒、为人民”的“三五”计划指导思想，坚定不移地排除干扰，一直紧抓不放航天事业与核工业等重大项目。早在“文革”初起的1966年底，周恩来直接部署、保护和指挥有关部门的科技人员排除干扰，取得第一次氢弹原理性实验的成功。在造反派叫喊“打倒走资派”的声音中，周恩来听了汇报。他十分高兴，专门设了家宴，款待参与研制部门负责人，祝贺实验成功，高兴地一面吟诵毛泽东的“不管风吹浪打，胜似闲庭信步”的诗句，一面举杯笑着说：“今夜得宽余，喝酒吧。”当时正值“停产闹革命”高潮时期，周恩来多次直接打电话、发电报给核工业生产科研单位所在地区，要求“保证工厂绝对安全，保证工厂稳定生产”，同时，亲自派出调查人员了解情况，制止武斗，维护正常的生产秩序。全体研制人员在周恩来的关怀、保护、指挥下，再接再厉，在1967年6月取得了我国第一颗氢弹试爆成功的重大胜利，提前实现了毛泽东、周恩来预计的1968年取得氢弹试验成功的目标。中共九大以后，周恩来连续10余次接见七机部两派群众代表，严肃地批评他们置国家尖端科研项目于不顾，热衷于打派仗的行为，特别是为了保证国家尖端科技项目的研制和生产，周恩来特批了一份需要重点保护的包括钱学森在内的几百名工程技术人员名单，对领军人物派卫士保护，对所有技术人员的住地和办公室、实验室派警卫保护，以确保他们在政治上不被侵犯，业务上不受干扰。
在这段时间里，周恩来直接关注和指示的重点建设工程项目还有很多。主要的重大工程有南京长江大桥、成昆铁路、湘黔铁路、十堰第二汽车制造厂、葛洲坝水利枢纽工程、三门峡改建工程、秦山“七二八”核电站、攀枝花钢铁基地，以及华北农用机井布局等等。
“三五”计划，在20世纪60年代连续面临中苏关系恶化、美国发动越南战争及中印边界争端的挑战，导致经济建设不得不考虑战备的需要；在国内，经济建设受到“文化大革命”的冲击和破坏，遇到了相当大的困难。但在周恩来的领导下，工农业总产值增长率为9.6%，完成计划数的164%；工业总产值增长率为11.7%，完成计划数的146%。与此同时，国民经济的增长也经历了第一年的上升和随后两年的全面下滑，到最后两年增长又呈现剧烈波动的局面。突出的是三线建设取得了举世瞩目的成就，改变了过去的工业布局，内地工业产值的比重上升。这一时期国防科技取得了一系列重要突破，特别是成功进行了我国第一颗氢弹爆炸试验，发射了第一颗科学试验卫星。
1964年10月31日，周恩来会见了10月下旬来到中国访问的老朋友、美国记者斯诺，谈到“二五”计划实现情况和“三五”计划制订的设想时说：“中国经济调整的任务已经基本完成，经济形势已经好转并要有新的发展。但是，中国人口多，从需要量讲，经济还很落后，要建成一个现代化国家，还需要相当长的时间。”最后，他还特别讲了自己的真切感受：“有一些事情，我们必须犯了错误以后，才能取得经验教训。不付这个代价，很难取得。”斯诺听后很受感动，说：谢谢周恩来给我一次“很有启发性的会见”。
当时，毛泽东对计划工作一直不满意，要求改变制订方法。1965年1月，周恩来根据毛泽东的意见，成立了一个由石油部部长余秋里、建筑工程部部长李人俊、浙江省委书记林乎加等参加的“计划参谋部”，又称“小计委”。“小计委”的主要任务是摆脱计委机关的日常工作，集中到国务院，专心拟定“三五”计划的方针和任务，研究战略问题。毛泽东特别交代，“小计委”由周恩来直接领导，国务院各副总理不要干预他们的工作。
从1965年2月上旬起，連续两个月内，美国加紧对越南北方进行大规模轰炸。怎样制止美国扩大战争的危险，和平解决越南问题，维护亚洲和世界和平，成为一个极端紧迫的问题。所以，从3月至7月将近四个月的时间里，周恩来不得不暂时放下国内的许多工作，着重处理国际事务，并为第二次亚非会议的召开做准备。尽管如此，按照周恩来的周密部署，编制“三五”计划的工作继续在国内紧张地进行着。6月16日，周恩来在出国参加第二次亚非会议前夕，曾到杭州和毛泽东一起听取余秋里关于编制“三五”计划和长远规划的一些问题的汇报。毛泽东根据时局的发展和备战的需要，对计划工作提出新的指导思想。他强调：“必须立足于战争，从准备打仗出发，把加强国防放在第一位；加快三线建设，改变工业布局，发展农业，大体解决吃、穿、用，加强基础工业和交通运输，把屁股坐稳，发挥一、二线生产潜力，有目标有重点地积极发展新技术。”讨论中，有人提出这样做是不是违反了以农业为基础、以工业为主体的发展经济的总方针，毛泽东说：“是要违反一下，不违反一下怎么行呢？是倒过来了。”“总而言之，第一是老百姓，不能丧失民心；第二是打仗；第三是灾荒。计划要考虑这三个因素。脱离老百姓，毫无出路，搞那么多，就会脱离群众。”后来，周恩来将毛泽东的这个思想概括为“备战、备荒、为人民”，并且解释说：“备战，备荒，落实到为人民。要依靠人民，首先要为人民。为人民是最基本的观念。任何事情要想到为人民，人民是力量的源泉。”周恩来强调说：“这是计划工作的战略指导，也是计划工作经验的概括。”
根据这个指导思想，周恩来在政治局会议上提出，制订“三五”计划要做到“四保”：保备战、保援外、保三线、保重点。他说：“这‘四保’是战略布局。减什么？不急需的，不落实的，非生产的。在设计方面要打破老框框。”怎样做到“四保”？周恩来用毛泽东的军事思想来解释：首先，“你打你的，我打我的”，用在建设上就是“你来也是这样，不来也是这样。你干你的，我干我的”。第二，“能打就打，不能打就不打”，用在建设上就是“能搞多少事就搞多少事，有多少钱办多少事”。第三，“集中力量打歼灭战”，用在建设上就是“一个一个行业排除”。周恩来还强调，要把计划搞落实，就要到前线，要组织工作组到主要的建设方面去，在那里看一看，还可以挖掘潜力搞节约。他希望当年投资控制在170亿元人民币，起个控制作用，好处是留有余地。周恩来说：“控制权，我在家就经过我送书记处批，我不在家直接找小平同志批。”他还提出，计划制订后不要因为一时的风吹草动就天天变。他说：“我们现在正在搞长期规划和第三个五年计划，如果天天变，还能办成事吗？”
出国归来后，周恩来立刻组织审议余秋里在杭州会议后拟定的“三五”计划的初步设想方案。7月22日至26日，他连续五个上午听取余秋里等人的汇报。周恩来在讲话中强调：“安排项目时，要从几个方面考虑，首先是要不要列这个项目？应不应该摆在这个地区？规模定得是否合适？速度如何？协作关系有无问题？要把这些情况摸清楚。无论是长期计划还是年度计划，都要分析项目，要注意布局、规模、进度和协作关系等几个方面的问题。同时，要考虑计划的执行有两种可能，一种是打起来，完不成计划；另一种是打不起来，就可能完成。”周恩来详细阐述了毛泽东关于“备战、备荒、为人民”的思想。他说：毛主席为什么要强调这三个问题？主要是帝国主义反动派和修正主义把我们作为主要敌人，我们也把他们作为主要敌人。所以，“我们就要备战，备战是长期的，帝国主义一天不消灭，我们总是要备战的。有了这个思想，事情就好办了。不但搞计划是备战计划，同时还要有备战的体制、备战的财政、备战的国防和备战的建设。总之，要有备战的思想，要有战斗的气氛、革命的气氛，这样就可以动员全国人民，又有可能做到少花钱多办事。为什么要备荒？我们是农业大国，农业人口多，因此以农业为基础的方针是长期的。我们有五亿人口，又是农业大国，备荒是一个大问题。在科学技术没有完全克服天灾以前，灾荒可以克服，但不能避免，农业还是基础。农业是基础，从备战、备荒来看，都要把农业搞好”。周恩来强调：“这三个因素，不是暂时的，是长期的，安排计划要经常考虑这些问题。”
由于“三五”计划的指导思想发生了很大的变化，计划指标重新做了调整，需要向各地区讲清情况，统一思想。会后，根据周恩来的建议，国家计委的负责人分赴各大区听取意见。本来华东地区想请余秋里到上海去同各省、市委书记谈一谈，但是，余秋里因为要到西南去调研，走不开。周恩来便决定自己到上海去，同华东地区的负责人交换意见。
8月15日，周恩来从上海回到北京。不久，余秋里等人也陆续回到北京。8月30日至9月8日，周恩来七次听取他们到各地调查研究的情况汇报，进行了认真的讨论。9月2日，国家计委拟出“三五”计划安排情况的汇报提纲。这份提纲提出“三五”计划的指导思想是：必须积极备战，把国防建设放在第一位，加快内地建设，逐步改变工业布局，发展农业生产，相应地发展轻工业，逐步改善人民生活；加强基础工业和交通运输的建设；充分发挥沿海地区的生产能力，积极地、有目标有重点地发展新技术，努力赶上和超过世界先进技术水平。提纲强调在“三五”计划期间一定要把建设重点放在三线，否则就会犯方针性错误。提纲接受周恩来提出的意见，把“三五”计划期间基本建设的总投资额定为850亿元人民币。 9月18日至10月12日，中共中央在北京召开中央工作会议，国家计委将这个提纲提交会议讨论，得到通过。周恩来评价说：“这个计划比较来说，搞得落实一些，更实际一些。同时，也把过去这十多年的建设初步总结了一下。所以，这个计划可以说是一个比较好的计划。”他还提出根据这一计划进行建设要有重点：“第一是农业，第二是国防，第三是援外，第四是大小三线，第五是基础工业。”
力阻“文革”破坏，坚持实施“三五”计划
由于“文化大革命”爆发，并没有形成正式的“三五”计划。但后来几个年度计划，周恩来和余秋里等负责经济工作的党中央和国务院的领导同志竭尽全力，严格防止和设法弥补“文革”的破坏，所以在五年中基本上都是根据周恩来主持制订的“三五”计划的基本方针来做的。
一是第一位的工作是抓农业。第三个五年计划的基本方针确定后，周恩来最担心的是“忽视农业”。余秋里向毛泽东汇报1966年的计划时，毛泽东说：“我们进口粮食，难道见马克思时还带着修正主义尾巴？”周恩来说：“这话给我的印象很深。”所以，他在制订和实施“三五”计划的过程中，总是首先紧紧抓农业。当时有干部讨论周恩来关于“三五”计划的讲话时提出：国防和农业哪一个放在第一位？还有的干部问：是否应该修改“三五”计划的指导思想，把以国防建设为中心改为“大力发展农业，突出国防”？周恩来解释说：“我的意思是，请大家千万不要忽视了农业。”强调“要抓紧、抓快、抓狠，要全民办农业”。他特别指出：“在整个形势下，中央要抓重点，注意北方几个旱的省。”他指的是山西、河北、山东、河南、陕西、北京和内蒙古等省、市、区，1965年的工业总产值占全国的40%左右，重工业产值占42.4%。但这几个省、市、区无一例外都要进口粮食。为此，1966年新年刚过，周恩来就抓北方几个省、市、区抗旱的大事，并专程到旱情严重的河北调查。
二是竭尽全力“抓革命，促生产”。1966年上半年，正当周恩来集中精力抓农业、部署华北抗旱、指挥邢台地震后的救灾等繁重工作之际，“文化大革命”爆发。对于这场所谓的“大革命”带来的极大混乱，对正在制订和实施的“三五”计划以及对整个国民经济造成的严重破坏，是他没有料到的，所以他只能根据毛泽东提出的“抓革命，促生产”的口号竭尽全力抓生产、保生产、促生产，千方百计避免和减少国民经济的损失。8月中旬，由北京发起的“红卫兵运动”，把“革命”迅速推向社会，开始冲击工农业生产。9月7日的《人民日报》发表了根据周恩来意见、由陶铸主持起草的《抓革命，促生产》的社论，号召各单位和业务部门应当分工，搞两个班子，一个班子抓革命，一个班子抓生产。当晚，周恩来在中国科学院辩论会场上，亲自宣讲这篇社论的主要观点，严肃地说：“我们不能看着科学院的尖端科学研究和许多重点实验像现在这样放在一边。凭我自己的责任来说，我不能看着这样的情况继续下去，即在这样一场革命的进行当中，使我们最紧急、最重要的業务工作受到影响。”不仅如此，9月8日，周恩来又正式起草了中共中央和国务院《关于抓革命、促生产的通知》（即“工业六条”）和《关于县以下农村文化大革命的规定》（即“农村五条”），要求各个生产地区和业务部门，应立即加强或组成各级生产指挥机构，坚守岗位，保证本单位革命和生产正常进行；学生、红卫兵不要进入县以下各级机关和社队、工矿企业、科研单位去串连。
针对一些地方发生的红卫兵与工农群众的矛盾纠纷，周恩来明确地说：“我们既要革命，还要生产，否则吃什么？用什么？所以，凡是生产的地方都不要影响，生产减少了于国于民都不利。”
在红卫兵大串连高潮的日子里，据周恩来的工作台历日记，他几乎天天都要仔细看工交部门的生产报表，哪个铁路局货运量减少了，哪个煤矿的产量降低了，哪个产品的原料供应不上了，他都亲自过问、查询，找有关领导研究解决问题的措施。周恩来和协助他抓经济工作的余秋里、谷牧等领导干部推心置腹地说：“你们可得帮我把住经济这个关啊！经济基础不乱，局面还能维持。经济基础一乱，局面就没法收拾了。所以经济工作一定要紧紧抓住，生产不能停。生产停了，国家怎么办？不种田了，没有粮食吃，人民怎么能生活？还闹什么革命？”
10月中央工作会议后，对于全国混乱加剧、许多工交企业的领导班子陷入瘫痪半瘫痪状态、生产指挥失灵、经济建设处于停滞的严重局面，周恩来心急如焚，极为焦虑，要求国务院分管领导和有关负责同志：“工厂和学校不同，生产不能中断。”“工交企业要业余闹革命，要坚持八小时工作制，要保证生产活动的正常进行。”11月9日晚，他又主持起草、讨论、审定《人民日报》的《再论抓革命促生产》的社论。在会上，他严厉驳斥那些只抓革命不抓生产的论调，重申：“生产建设决不能停滞和中断！”第二天发表的这篇社论，旗帜鲜明地强调：“抓革命，促生产”的方针，“不论在城市工矿企业、事业单位里面，在一切科学研究和设计部门里面，在农村里面，都是完全适用的，没有例外的，必须坚决遵守、时刻遵守的”。
三是果断处理破坏国民经济的重大事件。1966年9月10日，在我国最大的工业城市上海发生了沪宁铁路中断30多小时的“安亭事件”。周恩来知道后，当即要中央文革小组组长陈伯达加以制止，而被派去处理此事的中央文革小组副组长张春桥公然置中央和华东局及中共上海市委于不顾，擅自签字承认以王洪文为首的“工总司”是合法组织，承认他们的行动是“革命行动”。由此在全国开始了由产业工人组织造反、串连和工矿企业“停产闹革命”风潮，使“文化大革命”造成的混乱和损失进一步升级。陈伯达、张春桥支持的“安亭事件”和产业工人组织造反与串连以及工矿企业“停产闹革命”，都是否定和反对周恩来坚持“抓革命、促生产”的一系列正确主张和艰辛努力的。但以国家和人民利益为重的周恩来仍然果断地处理这类事件，多次批评类似事件，竭力维护铁路运输的正常秩序。11月16日，周恩来同江苏省委负责人通话，要求江苏省委出面做好拦车群众的工作，放行所拦车辆，明确指出：“这是关系到国家的信誉，关系到交通运输，关系到劳动人民。”18日，周恩来修改以国务院名义发给滞留在四川广汉（宝成铁路的一个站）的“成都工人造反团”的电报中严正指出：“请你们认真考虑：成千的工人同志来北京请愿，既不便于接待和会谈，也会影响你们工厂的生产。如果另一方面工人同志也照样来京，那将更影响生产。” 四是顶住高层压力抓计划抓工交。处理了“安亭事件”等破坏国民经济大动脉铁路正常运输秩序的多起事故后，周恩来集中精力着手抓计划会议和工交会议，研究部署工交系统“抓革命，促生产”的问题。但党内上层因为在“革命”和生产问题上积累起来的尖锐分歧，导致了一场激烈的争论。周恩来找余秋里、谷牧谈话，要他们一人抓计划会议，安排1967年国民经济计划；一人抓工交座谈会，研究工交系统“抓革命，促生产”问题。11月13日，陈伯达拿出一份由中央文革小组拟定的关于工交系统开展“文化大革命”的征求意见稿，公然“允许工厂成立派系组织”，“允许学生到工厂串连”等规定，要工交企业像学校一样闹“革命”，公开反对周恩来保持工交系统正常生产秩序的一系列主张和部署，其后果必然是打乱全国工交系统乃至整个国民经济的正常秩序。出席座谈会的负责同志一致反对陈伯达拿到会上的这个文件，拥护周恩来的一系列正确主张。谷牧按照周恩来的讲话和座谈会上的意见，整理出一份《工交企业进行文化大革命的若干规定》，一开始就遭到陈伯达的反对。11月22日晚，周恩来把争论的情况和《规定》向毛泽东汇报，毛泽东表示文件可以在听取工人意见后继续修改，争取12月发出。
然而，12月4日至6日，在林彪主持召开的听取工交座谈会情况汇报的中共中央政治局扩大会上，工交座谈会和《规定》遭到了严厉的批判。康生、陈伯达、张春桥、王力等人公然指责工交座谈会和《规定》提纲说：“工交系统的问题，比文教系统还严重。”林彪对工交座谈会下结论说：“这个会议开得不好，是错误的，思想很不对头。现在需要来一个一百八十度的大转弯。不能把文化大革命成果单是落在生产上，如果我们单以生产收获的多少来论文化大革命的成败，那是大错特错的。”
在林彪和中央文革小组联合施压的情况下，周恩来、陶铸、谷牧等试图通过“抓革命”来保生产、保经济的努力失败了，陈伯达等人起草的在工矿和农村开展“文化大革命”的两份文件以中共中央的名义正式发到全国。从此，“文化大革命”开始合法地进入工交、财贸、农业、科研等领域，“停产闹革命”风行全国。好在由于周恩来的竭力保护，参加工交座谈会的一大批领导干部在会上和会后没有受到过多的责难。
为弥补损失，周恩来又在12月10日，召集參加工交座谈会的一些省、市负责人开座谈会，他语重心长地劝大家：“要准备迎接汹涌的浪潮。大势所趋，万马奔腾来了，你根本挡不住，要因势利导，否则就会被冲垮。”他进一步明确要求：“组织好生产班子，把懂得生产的人都吸收进来，把生产搞好。”
五是毅然指示编制1969年国民经济建设计划。中共八届十二中全会后，作为政府总理的周恩来，无时无刻不在牵挂着国家的经济和人民生活的需要，牵挂着正同世界经济发展水平拉大差距的国内各项建设事业，毅然决定在筹备中共九大的同时制订1969年国民经济计划，为扭转国民经济连续两年滑坡的问题而进行一次重大而有效的努力。对此，余秋里回忆说：“进入一九六八年，经济形势更加严峻，工业生产继续全面下降。由于根本无法召开计划会议，这一年始终没能订出一个计划，是‘一五’计划以来唯一没有国民经济年度计划的一年。快到年底时周总理下了决心。十二月二十六日那天，我回家时已经是凌晨两点多了，刚进门总理就亲自打电话叫我去。我到总理处已是凌晨三点。总理疲惫至极，面带忧虑地对我说：‘今年只有五天了，明年计划还没有搞出来，一些重要的生产资料和人民生活必需品安排哪里生产，往哪里调运，没有计划怎么行呢！’我说，先找几个人先搞一个明年第一季度的计划，以便使工作有所安排。总理说：‘好！你赶快回去搞吧。’我回来后顾不上休息，就找了几位同志商量，搞出了一个第一季度计划安排方案，只提出几个关系国计民生的重要指标，立即报给了总理。总理审查同意后即报请毛主席审批。毛主席很快就批准了这个计划。这样，一九六九年一开头，总算有了个可供遵循的计划。”接着，周恩来抓紧在中共九大召开前夕，认真修改了计划编制小组草拟的《一九六九年国民经济计划纲要（草稿）》，3月24日，在国务院召开的历时一个多月的全国计划座谈会上做了重要的总结讲话，系统阐述1969年国民经济计划的各项任务。周恩来强调说：“做计划要实事求是，把困难摆出来；生产指标要实事求是，计划有不够确切或实在完不成的，还可以修改；要注意提高生产和基本建设质量。”最后，他特别强调：“年度计划和长远计划的立足点，都应放在‘备战、备荒、为人民’和‘抓革命、促生产、促工作、促战备’这样两条方针上，重点是‘以农业为基础，以工业为主导’。”
1969年的国民经济，由于周恩来对计划制订和生产管理都抓得很紧很实，改变了1967年、1968年两年生产连续下滑的局面。
六是狠抓军事工业。周恩来敏锐地抓住中共九大前后的有利时机，坚持按照“三五”计划确定的“备战、备荒、为人民”的指导方针，千方百计地狠抓军事工业。1969年2月，周恩来连日召开国防科研和军工生产部门负责同志会议，对海军新型舰艇的研制，空军歼击机、轰炸机的生产，以及高射炮、雷达、地空导弹等防御性武器的性能、规划、布局等，一一做出具体指示。中共九大期间担任秘书长的周恩来还专门挤出时间听取有关部门军管会和生产指挥负责人关于飞机生产质量的汇报，严厉批评某些领导干部不敢抓军工产品质量，取消检验制度，以致飞机生产屡屡出现质量事故，愤怒地说：“你们都是从空军来的，怎么能对同志的性命这样不负责任呢？你们为什么不敢抓？为什么不下命令恢复？你们就是怕事怕群众。我是早上看到报告的，看后非常难过，军事工厂哪能搞成这样！你们现在还说检验制度正在逐步恢复？不是逐步恢复，而是应当马上恢复！你们应当下命令嘛！改革不合理的规章制度，合理的还是要保留。”他着重强调说：对规章制度“一概取消是不符合毛泽东思想的，是不尊重科学的。不能违背科学”。“有些人要把一切制度砸烂，这是极左思潮！”
七是从备战高度狠抓航天事业与核工业等重大项目。在“文化大革命”的动乱岁月里，周恩来始终坚持贯彻执行“备战、备荒、为人民”的“三五”计划指导思想，坚定不移地排除干扰，一直紧抓不放航天事业与核工业等重大项目。早在“文革”初起的1966年底，周恩来直接部署、保护和指挥有关部门的科技人员排除干扰，取得第一次氢弹原理性实验的成功。在造反派叫喊“打倒走资派”的声音中，周恩来听了汇报。他十分高兴，专门设了家宴，款待参与研制部门负责人，祝贺实验成功，高兴地一面吟诵毛泽东的“不管风吹浪打，胜似闲庭信步”的诗句，一面举杯笑着说：“今夜得宽余，喝酒吧。”当时正值“停产闹革命”高潮时期，周恩来多次直接打电话、发电报给核工业生产科研单位所在地区，要求“保证工厂绝对安全，保证工厂稳定生产”，同时，亲自派出调查人员了解情况，制止武斗，维护正常的生产秩序。全体研制人员在周恩来的关怀、保护、指挥下，再接再厉，在1967年6月取得了我国第一颗氢弹试爆成功的重大胜利，提前实现了毛泽东、周恩来预计的1968年取得氢弹试验成功的目标。中共九大以后，周恩来连续10余次接见七机部两派群众代表，严肃地批评他们置国家尖端科研项目于不顾，热衷于打派仗的行为，特别是为了保证国家尖端科技项目的研制和生产，周恩来特批了一份需要重点保护的包括钱学森在内的几百名工程技术人员名单，对领军人物派卫士保护，对所有技术人员的住地和办公室、实验室派警卫保护，以确保他们在政治上不被侵犯，业务上不受干扰。
在这段时间里，周恩来直接关注和指示的重点建设工程项目还有很多。主要的重大工程有南京长江大桥、成昆铁路、湘黔铁路、十堰第二汽车制造厂、葛洲坝水利枢纽工程、三门峡改建工程、秦山“七二八”核电站、攀枝花钢铁基地，以及华北农用机井布局等等。
“三五”计划，在20世纪60年代连续面临中苏关系恶化、美国发动越南战争及中印边界争端的挑战，导致经济建设不得不考虑战备的需要；在国内，经济建设受到“文化大革命”的冲击和破坏，遇到了相当大的困难。但在周恩来的领导下，工农业总产值增长率为9.6%，完成计划数的164%；工业总产值增长率为11.7%，完成计划数的146%。与此同时，国民经济的增长也经历了第一年的上升和随后两年的全面下滑，到最后两年增长又呈现剧烈波动的局面。突出的是三线建设取得了举世瞩目的成就，改变了过去的工业布局，内地工业产值的比重上升。这一时期国防科技取得了一系列重要突破，特别是成功进行了我国第一颗氢弹爆炸试验，发射了第一颗科学试验卫星。