古村落是中国文化的根系所在。然而，现状却令人忧心。“五千年历史留给我们的、千姿万态的古村落的存亡，已经到了紧急关头”，“千城一面”、“万镇一面”正在向农村蔓延，极可能衍生为“万村一面”。2000年，我国自然村总数为363万个，到2010年锐减为271万个，仅10年内就减少90万个，每天至少消失100个村落；2005年还存量5000个的古村落，目前只剩不足3000个。在城镇建设中，一些具有浓厚文化传统和历史价值的古村落正在规划尺下和推土机的轰鸣中消失。特别是一些尚未被人们认识的和没有被列入保护范围的文化遗产，被破坏的现象更为严重。而这种破坏，不是传统的盗匪破坏，也不是自然的破坏，而是在经济建设和城镇发展过程中出现的“建设性破坏”，这种破坏后果较前两者更为严重。问题集中表现在：
　　一、有法不依。《中华人民共和国文物保护法》是我国关于全面保护文化遗产的法律,其中有具体条款规定了古村落的保护问题；《历史文化名城名镇名村保护条例》以及在城乡规划和建设方面，也出台了相关的法律法规，如1989年由全国人大常委会通过的《中华人民共和国城市规划法》（2007年修订后改称为《中华人民共和国城乡规划法》），明确阐明了城乡规划对文化遗产的保护。但是，有的地方政府法律意识淡薄，在“打造”新城镇时，追求经济利益和政绩工程，对古村落进行人为的肆意破坏。
　　二、人为造假。一些地方先拆真文物，再造假文物，或者为了满足大拆大建的需求，打着“维修式拆迁”的幌子进行整体“迁移”。这些行为不仅不是对文化遗产的保护，更与文化遗产保护相背离，是真正的破坏。
　　另外，一些地方在利益的驱动下，打着保护的名义，将古村落的申遗变成了带“钱”味的政绩靶子。重申请、重开发利用，轻保护。
　　为此，建议在城镇建设中切实做好对古村落的保护工作，做到城镇建设和古村落保护两手一起抓。
　　转变观念。吸取城市改造中大拆大建的教训，明确城镇建设与古村落保护的关系。通过政策引导及政绩观的转变，加强地方政府对古村落保护的认识和对保护古村落的重视。
　　依法保护。在城镇建设中一旦出现破坏、损毁古村落的行为，应依照相关法律法规进行惩处。制订《传统村落保护利用规划》，将传统村落保护纳入城镇化、城乡统筹、文化发展总体规划中管理。同时，管辖村落的地方政府必须签署保护承诺书，地方官员作为指定责任人。古村落的保护情况作为政绩考核的一个指标。
　　分类保护。全面开展古村落遗产的调查评估，建立古村落名录制度，实行分类和分级保护。古村落的保护可分为四个类型：完整保护型，格局完整型，点、线、面保护型，点状保护型。对于不同的古村落类型，应充分借鉴有益经验，根据其具体情况制定相应的保护措施，严格落实，并请有关专家给予专业指导。
　　多元参与。创新“村民自保、私保公助”，“产权转移、公保私用”，“认领、认养、认保”方式，实行“多元化、社会化、转移性”保护。一是鼓励“村民自保，村集体筹资保护”和“产权转移，村集体或政府收购保护”。二是鼓励以社会公众“认领、认养、认保”和租用、购买等方式参与保护利用。同时可解决保护资金问题，通过土地、房屋产权的置换或租赁等方式，鼓励、吸纳多种资本参与古村落的保护。