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由于转Bt基因抗虫棉导入新的抗虫基因，强加给棉株以额外的生理消耗，至使出现其种子质量下降，种子萌发时物质代谢活性降低，棉苗早期发育慢，幼苗素质差，根系生理活性较弱，碳氮代谢失衡，易早衰，抗病性下降，对缺钾敏感等不良影响。因此，为了保障抗虫棉良种的优质、丰产潜力与抗虫能力的协同发挥。必须根据其自身的生育特性，制定相应的配套栽培技术，不宜完全套用当地常规棉的管理措施。