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目的分析低频重复经颅磁刺激联合益生菌对脑卒中后抑郁患者认知、运动功能及肠道菌群的影响。方法选取我院2016年12月至2019年2月收治的110例脑卒中后抑郁患者进行研究,按随机数字表法分为观察组与对照组,各55例。两组患者均给予低频重复经颅磁刺激治疗,观察组患者进一步联合益生菌治疗。治疗4周后比较两组患者抑郁、认知功能、运动功能、肠道菌群及不良反应发生情况。结果治疗后观察组患者肠道双歧杆菌数量[(9.59±0.73)lg copies/g vs(7.56±0.54)lg copies/g]和乳杆菌数量[(9.53±0.68)lg copies/g vs(7.84±0.56)lg copies/g]高于对照组,而肠球菌数量[(7.86±0.63)lg copies/g vs(9.81±0.52)lg copies/g]与大肠埃希菌数量[(7.64±0.37)lg copies/g vs(9.16±0.48)lg copies/g]低于对照组,差异有统计学意义(均P<0.05)。治疗后两组患者MMSE评分及HAMD评分较治疗前明显改善,其中观察组患者MMSE评分[(24.71±6.89)分vs(18.16±5.92)分]和HAMD评分[(7.84±4.19)分vs(14.06±7.23)分]均优于对照组(均P<0.05)。治疗后两组患者上肢和下肢FMA评分与治疗前相比明显增高,其中观察组患者上下肢FMA评分[(39.57±9.11)分vs(33.08±9.43)分]、[(37.65±10.25)分vs(32.17±12.06)分]均高于对照组(均P<0.05)。两组患者不良反应发生率差异无统计学意义(P>0.05)。结论低频重复经颅磁刺激联合益生菌治疗可有效改善脑卒中后抑郁患者认知、运动功能及其肠道菌群和抑郁状态,安全性较高。