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高校学科建设项目碎片化是当下各高校普遍存在的共性问题。高校学科建设项目碎片化具体表现为建设项目多元、目标指向各异、内容衔接不足和部门协同不够。要破解这一问题，需要理顺中央政府、地方政府和高校三层建设主体的关系，高校应按照学科引领、统筹集成、改革驱动、管理创新的建设思路进行系统设计，按照学科引领、分层建设，统筹规划、项目集成，体制改革、管理创新，试点改革、逐步推进的具体路径予以推进。