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贵州水城-纳雍地区锰矿是产于中二叠统茅口组之上，中-上二叠统峨眉山玄武岩之下，茅口组第二段锰矿层与硅质岩和含锰灰岩关系密切，通过对该区锰矿地质特征和控矿因素分析，认为控矿的主要因素为岩相古地理、地层岩性、断裂构造。主要含锰岩系第二段为含锰、微含锰的硅质灰岩、含硅质灰岩、含钙质硅质岩及石灰岩等，第一段局部可见少量零星锰矿体，多无工业价值，根据锰矿富集成矿地质特征，该区找矿标志主要有岩相古地理、地层、岩石及露头。