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分子标记是继形态学标记、细胞学标记和生化标记之后迅速发展起来的一种新标记。分子标记技术应用于亚麻的研究，对亚麻亲缘关系与遗传多样性、及遗传图谱构建及资源保护利用等提供了极大的便利。主要叙述了亚麻遗传多态性及亲缘关系、系普分析、种质鉴定、基因定位、遗传图谱构建和分子标记辅助选择育种等的研究进展，探讨了分子标记在亚麻研究中尚需解决的问题。