北京儿童腹泻中G1和G3型轮状病毒（Rotavirus,RV）的流行随时间动态变化。鉴于G1和G3型RV在疫苗研发设计中的重要地位,本研究依据前期对2007～2017北京腹泻就诊患儿中RV流行的监测结果,分别选取G1（15例）和G3（18例）型RV标本,应用DNAStar、MEGA 6.0和BEAST软件包及Datamonkey在线工具,分析和预测11年来其主要中和抗原VP7基因的分子进化动态。结果显示G1和G3型RV同近年世界各地的各自主要流行株之间的进化距离近,相比同一进化树分支内参考株的VP7基因并没有表现出特有的氨基酸变异,提示并未有特别的基因变异直接改变北京G1和G3型RV的流行。本研究中北京G1和G3型RV最近共同祖先株形成时间分别约为2005年和1996年,其VP7基因平均进化速率分别为2.29×10^-3和5.11×10^-4氨基酸替换·位点^-1·年^-1。尽管G1型的变异速率大于G3型,但有意思的是它们均无正向选择变异位点。群体流行历史（Bayesian skyline plot,BSP）分析显示人群中G1和G3型RV的感染水平呈现缓慢下降,并均在2010年前后出现了跳跃式下降,随后有所上升并维持在较平稳的感染水平,基本符合北京腹泻儿童中RV流行趋势监测,据此推测群体免疫压力可能是影响G1和G3型RV的流行分布随时间动态变化的原因。分子分析结果还显示本研究中G1和G3型RV和相应型别疫苗株之间的进化距离远,且均在主要抗原区存在变异,这些是否对疫苗应用效果产生影响仍需要对RV的流行进行持续监测。