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以汉中栽培2种黑稻（黑丰，黑米B）和1种白稻（香粘）为材料，根据水稻查尔酮合成酶（chalcone synthase，CHS）基因DNA序列的保守区域设计3对引物，进行PCR扩增，获得CHS外显予Ⅱ部分序列，测序并与籼稻CHS基因（X89589．1）比对，发现有13处SNP，这些SNP可能是黑稻种子黄酮类物质含量差异的重要原因之一。稻和其他植物CHS基因外显子Ⅱ序列的进化分析表明，CHS基因虽然整体上反映进化关系，但由于不同基因的进化历史不同，因此单独用CHS基因的进化树来反映物种的进化关系是不确切的，而