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科室主任聘任制目前已在地方医院广泛实施,由于军医大学附属医院在体制编制、人事管理及运行机制等方面与地方存在着较大差异,因此在推行科室主任聘任制的具体运作过程中,应充分考虑自身特点,正确处理好以下几个关系：任命制与聘任制的关系;竞争与稳定的关系;上与下的关系;聘期目标与长远目标的关系;个人发展与梯队建设的关系;内部产生与外部引进的关系。