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采用经典分子动力学模拟方法研究了金刚石针尖的原子力显微镜(AFM)在提取和放置铁(Fe)晶体体心原子(次表层)的主要过程。模拟结果表明：只依靠原子间的相互作用力，金刚石针尖的AFM并不能实现对Fe晶体体心原子的双向操纵。虽然AFM可以将()原子(处于表面层上方稳定平衡位置处的Fe原子)推到Fe晶体表面层以下，但是导致了针尖的破坏，同时金刚石针尖不能将()原子(处于体心稳定平衡位置处的Fe原子)提到表面层以上。最后，本文分析了所建模型的局限性，提出了使用扫描隧道显微镜(STM)可以实现原子的双向操纵并采用更加精确的从头计算分子动力学方法模拟STM操纵原子的主要机理，同时指出了尚需解决的问题。