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将从Genbank中提出的20株O型FMDV的全基因组分割成12个编码区域，即Lab、VP4、VP2、VP3、VP1、2A、2B、2C、3A、3B、3C和3D。通过方差分析，12个编码序列的相对变异率之间无差异（P〉0．05）；而这12种编码序列所对应的氨基酸相对突变率之间差异显著（P〈0．01）。利用Duncan法对这12种氨基酸序列相对突变率进行多重比较，发现3A蛋白的氨基酸相对突变率比其余11种蛋白的差异都显著（P〈O．05）；VP2、L^pro的氨基酸相对突变率与VP4、2A、2C、3C^pro、