【摘 要】
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提出了一种不依赖于数值数据的重构方法。以从文献中或相关数据库中搜集到的参与同一个信号pathway的各分支的基因组成为样本,在各样本中同时出现的基因一定具有相同调控顺序
【机 构】
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吉林大学计算机科学与技术学院,东北师范大学计算机学院
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提出了一种不依赖于数值数据的重构方法。以从文献中或相关数据库中搜集到的参与同一个信号pathway的各分支的基因组成为样本,在各样本中同时出现的基因一定具有相同调控顺序的前提下,建立一阶Markov链模型,利用EM算法对模型参数进行估计,挖掘出基因间的因果关系进而构建出网络的拓扑结构,弥补了许多重构算法的不足,使预测更具生物学意义。对PKA和MAPK/Erk pathway的重构实验证明了算法的有效性。
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