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科技创新体系的建立是实现科技创新的重要前提条件。从我国的现状看，发展与完善国家科技创新体系为解决科技与经济脱节的问题提供了有效的途径，为提高我国的综合创新能力提供了制度保障和技术基础，最终将有助于提高我国的国际竞争力。本文从科技投入、人力资源、成果转化、知识产权及科技园区等多个方面，比较海峡两岸的异同，以探究台湾科技创新的模式选择，为大陆的自主创新战略提供参考。