2008年8—9月对额尔古纳河流域5个重要水体呼伦湖、乌兰泡、二卡湿地、伊敏河和哈乌尔河进行浮游植物调查,结果显示:(1)共鉴定浮游植物8门82属177种(含变种),以绿藻和硅藻种类最多,绿藻有36属77种,占43.5%,硅藻21属54种,占30.5%;其次是蓝藻,13属26种,占14.7%;裸藻4属11种,占6.2%;其他藻类仅占5.1%;(2)在呼伦湖共有64属121种,乌兰泡47属88种,二卡湿地62属116种,伊敏河41属59种,哈乌尔河32属54种;优势度分析显示:呼伦湖与乌兰泡优势种为蓝藻和绿藻,二卡湿地为硅藻与隐藻,伊敏河与哈乌尔河为硅藻;蓝藻个体密度在乌兰泡与呼伦湖最大,分别为5.17×106个体/L和4.01×106个体/L,而硅藻密度则在二卡湿地、伊敏河与哈乌尔河占优势,分别为1.40×106个体/L、1.84×105个体/L与4.89×105个体/L;此外,聚类分析显示5个水体的浮游植物群落按结构特征可分为两大类;(3)与历史记录相比,呼伦湖的优势种转变为细胞较小的坚实微囊藻(M.firma)与不定微囊藻(M.incerta),这种小型化的趋势表明呼伦湖水体富营养化程度加剧;(4)综合多种指标对水质状况进行评估:呼伦湖、乌兰泡为中-富营养水体,二卡湿地为中营养水体,伊敏河与哈乌尔河属于贫-中营养水体。