西瓜杂交制种去雄授粉工作一般在母本出苗后50～55天开始，历时大约7天左右，适宜气温23～26℃，这是西瓜杂交制种中最为关键的技术环节，母本去雄、雌花套袋的双重措施，又是提高种子杂交率的重要手段。严格而规范的操作不仅能确保种子的质量，而且能提高种子的产量。其技术规程如下：
　　
　　一、准备用具：
　　
　　隔离瓜帽（纸帽或小塑料袋）、硬纸盒或广口玻璃瓶、湿毛巾、不同颜色的布条或线绳、软毛笔。纸帽用报纸裁成约7×10厘米纸片，然后在直径1.5～2厘米、长约15厘米的圆头木棍顶端缠两圈以上，缠绕时木棍外剩余约2厘米，缠好后把顶端拧1～2周，然后拔出木棍即可。
　　
　　二、父本去杂
　　
　　授粉前，认真检查父本田，彻底拔除杂株。对父本植株要逐株仔细观察，从株型、叶色、叶状、瓜蔓、绒毛，特别是已结小瓜的形状、色泽、花纹等方面仔细辨认其是否符合父本性状标准，异样者一律拔除。对性状模棱两可植株定要拔除，决不手软。母本田在生长其间随时去杂。
　　
　　三、母本去雄
　　
　　全天都可进行。在确定授粉期后，结合整枝，应提前1～2天将母本上所有的雄花、雄花蕾、已开之雌花及已坐住的瓜胎全部清理干净，以后每天都要摘除后长出的雄花蕾，确保在整个授粉过程中，母本植株中不再有雄花
　　开放。去下的雄花就地深埋。两性雌花也摘掉埋与土下。
　　
　　四、母本座瓜节位的选择
　　
　　西瓜单瓜重量、瓜内籽粒的多少与坐果节位有很大关系，实践证明，第一雌花坐果因植株叶片数少，瓜身生长不完全，果实较小，皮厚籽少。第二或第三雌花坐果瓜大籽多，故要选留第二或第三雌花进行人工授粉，定夺坐瓜节位。适宜的坐瓜节位，因品种而不同，早熟品种节位相对低，晚熟品种节位相对高。
　　
　　五、母本雌花戴帽
　　
　　授粉头天下午,在母本田仔细观察，寻找第二天要开放的坐果节位的雌花（要开放的雌花花冠呈明显绿黄色且呈松散状、子房已发育），并将其用隔离瓜帽（纸帽或小塑料袋）牢牢套上。次日上午授粉时取下帽子，授粉完后立即套帽，并做好标记。隔离瓜帽（纸帽或小塑料袋）在授粉雌花闭花后即可摘下重复使用。
　　
　　六、采摘父本雄花
　　
　　在授粉当天清晨，将肥大而饱满的还未开放而即将开放的雄花花蕾采下，放到广口玻璃瓶或硬纸盒内，上面盖上湿毛巾，待其自然开放后就可以用来给母本雌花授粉了。雄花开放时，花粉已成熟，具有授粉能力。采摘雄花的同时,要去掉父本植株生活力差的畸形花和过小的花；并且摘掉植株上的雌花蕾，以免坐瓜坠秧，影响花粉供应。
　　
　　七、人工授粉
　　
　　西瓜花在早上七、八点左右开放，晴天开的早，阴雨天开的晚，刚开放的花生活力最强，两小时后雄花花粉和雌花柱头生活力下降，而使坐果率降低，产籽量下降，所以一般上午8～10时是人工授粉的最佳时间，实际生产中10时以前应尽量完成授粉工作。通常一朵雄花可给3～4朵雌花授粉。
　　方法有两种：（1）对花法：摘掉雄花花瓣，用雄花花蕊涂抹雌花柱头（切忌用力涂抹）；（2）蘸粉法：将广口瓶或硬纸盒内雄花散落的花粉混合，然后用软毛笔蘸取花粉，对准雌花柱头，轻轻涂抹。无论那种方法都要注意涂抹均匀，必须看到柱头有明显的黄色花粉，否则授粉不好，导致瓜中种子分布不均匀，种子粒数少，从而造成产量偏低，还可能出现歪把子果。每天授粉前检查母本田，将漏摘的即将开放的雄花花蕾摘下后埋于土下，切不可扔到瓜田，留下后患。阴雨天授粉，可于授粉头一天给母本雌花戴帽同时，也给次日要采摘的父本雄花戴帽， 隔离瓜帽选用小塑料袋可防雨，雌花授粉后立即戴帽。
　　
　　八、制作标记
　　
　　每个授粉后的雌花都要立即套帽并做永久性标记。一般用备好的不同颜色的布条或线绳，系于坐瓜节位的茎蔓上（通常3天换一种颜色），以便采瓜时辩认。这样不仅能确认该花已经授粉，防止重复授粉，而且便于确定西瓜的成熟期，做到适时采收。
　　
　　九、检查授粉效果
　　
　　授粉后第二天下午，雌花果柄弯曲下垂生长，子房前端开始触地，表明授粉成功；雌花果柄仍然向上或向前伸展，表明授粉失败。此时则应注意清理标记，重新选择雌花授粉。
　　
　　十、选留瓜胎
　　
　　一般西瓜每株只能坐一个瓜，通常留第二、三雌花坐果。但授粉期间如出现开花前未戴帽和闭花前帽子脱落的雌花、两性雌花以及畸形瓜胎，则一律摘除，抓紧再给下一个雌花授粉。严格把好去雄授粉技术每一关，确保杂交种子质量。
　　
　　十一、授粉完成时间
　　
　　通常西瓜人工授粉完成时间为7天左右。这样坐果期集中，管理方便，采收期也集中，并且果实大小均匀，产量高。授粉时间过长，则坐瓜不整齐，适时肥水以及其它管理难以掌握，果实大小不一，采收期不集中，最终导致产量降低、种子质量降低。