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南京医科大学是江苏省属重点高校。目前,学校设有基础医学院、公共卫生学院、口腔医学院、药学院、13个学院和1个独立学院寨康达学院。在南京、常州、无锡、苏州、淮安、杭州等地拥有18所附属医院和30多所教学医院。南京医科大学基础医学院下设14个系、2个教研室、1个国家级实验教学示范中心(基础医学)。