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为了解马鹿种群遗传结构和分化水平,测定了马鹿5个亚种11个地理群共计146个体线粒体DNA控制区全序列。序列分析检测到167个变异位点,确定了54种单倍型;各个亚种呈现较高的单倍型多样性(h:0.600~0.959)及中等程度的核苷酸多样性(π:0.0063~0.0126)。中性检验仅发现甘肃马鹿显著性偏离中性突变,亚种间遗传分化指数FST﹥0.5、基因流Nm﹤0.5,表明马鹿亚种间发生了显著的遗传分化,只存在少量基因交流。基于最大简约法和贝叶斯法构建的单倍型系统进化树和单倍型中介网络图显示塔里木马鹿有别