【摘 要】
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系统发育关系的构建对被子植物分类及进化研究非常重要。长期以来,被子植物系统发育的研究,大多使用质体基因、线粒体基因或少数保守的单拷贝核基因。该研究从已注释基因组或
【机 构】
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深圳华大生命科学研究院,深圳市华大农业应用研究院,国家基因库,基因组学农业部重点实验室
【基金项目】
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国家科技支撑计划（2015BAD02B01-7）;广东省农作物核心资源开发应用企业重点实验室（2011A091000047）;深圳市科技计划项目（JCYJ20150831201123287）;深圳作物分子设计聚合育种工程实验室提升项目（深发改[2015]946号）
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系统发育关系的构建对被子植物分类及进化研究非常重要。长期以来,被子植物系统发育的研究,大多使用质体基因、线粒体基因或少数保守的单拷贝核基因。该研究从已注释基因组或转录组中搜集88种被子植物(包含58目)的核基因集;通过对其进行同源基因聚类及去旁系同源基因,获得了5993个一对一的直系同源基因家族(即对于每个基因家族,每种植物最多一条序列,最少包含50个物种);使用截取各种不同数目基因集的DNA或氨基酸序列,采用串联法(concatenation)和溯祖法(coalescence),共构建了20棵进化树。比
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