通过对1995-2004年福建省农业面源污染问题相关统计资料的分析,阐述了近10年来福建省12条主要水系、主要湖泊水库和近岸海域海水水质的变化情况,结果显示,从2002年起,福建省水域环境质量呈现持续恶化的趋势,12条主要水系和湖泊水库的Ⅰ-Ⅲ类水质所占比例分别从2002年的90.6%和77.8%下降至2004年的83.6%和36.4%;近海域海水一、二类水质所占比例从2002年的47.3%下降至2004年的32.3%;分析了引起福建省水环境质量恶化的农业面源污染因子,主要包括:化肥、农药、农用塑料薄膜、畜禽养殖、水土流失和水产养殖;并提出了福建省农业面源污染的防治对策,主要包括:完善农业立法、强化经营管理措施,加强农化物质投入最小化技术研究,开展畜禽粪便多用途综合利用,发展生态农业和有机农业、提倡清洁生产、遏制农业面源污染,合理投放鱼饲料和药物、减少流失率。