农业绿色发展演化是一个循序渐进、日积月累的过程，它的外生干预主要以创新形式出现。创新会增强农业绿色发展的自生能力、共生能力与和谐能力：技术创新提高农业绿色发展的自生能力；组织创新提高农业绿色发展的共生能力；制度创新激发人们的创新活力和规范人们的行为，协调人与人、当代人与后代人、人与自然的关系。本文以现实中的案例，论述创新对生态系统保护以及农业绿色发展自生能力、共生能力与和谐能力演化的影响。中国生态补偿始于中央政府的纵向生态补偿，但横向生态补偿对生态补偿制度的贡献会更大且走得更远。要按市场化、绩效化和社会化原则进行生态补偿创新，解决按面积发放生态补偿资金无法激励参与者的问题。绿色发展伊始阶段需要以政府为主导，但不宜停留在这个阶段。以市场和民众为主导有利于提高权利与责任的对称性和绿色发展的协调性，民众需要有展示他们贡献的工具。