目的：本研究基于超高效液相色谱-串联质谱法（UHPLC-MS/MS）及高通量转录组测序技术（RNA-seq）探讨益肾化湿颗粒调节血清代谢物及肾脏信使核糖核酸（mRNA）表达，改善糖尿病肾病（DKD）的作用机制。方法：24只SD大鼠随机分为正常组、模型组、益肾化湿颗粒组，每组8只。以低剂量链脲佐菌素腹腔注射构造DKD大鼠模型，益肾化湿颗粒组给予益肾化湿颗粒5.54 g·kg-1·d-1灌胃，正常组与模型组给予等量生理盐水，持续6周。实验期间监测大鼠体质量、血糖，末次给药24 h后麻醉动物，下腔静脉取血，分离血清，检测肾功能、血脂、炎症指标，取大鼠肾组织于中性多聚甲醛中固定，苏木素-伊红（HE）、马松（Masson）与过碘酸雪夫氏（PAS）染色观察肾脏病理变化，通过UHPLC-MS/MS与RNA-seq分析血清代谢变化及肾脏mRNA表达差异，实时荧光定量聚合酶链式反应（Real-time PCR）、蛋白免疫印迹法（Western blot）检测肾脏组织差异mRNA及蛋白表达，探寻共性表达机制。结果：与正常组比较，模型组大鼠体质量减少，血糖、尿微量白蛋白与尿肌酐比值（UACR）、尿素氮（BUN）、胱抑素-C（Cys-C）、β2-微球蛋白(β2-MG)、白细胞介素-6（IL-6）、甘油三酯（TG）及总胆固醇（TC）均显著增高，总超氧化物歧化酶（T-SOD）显著降低（P＜0.05，P＜0.01），经药物干预后的益肾化湿颗粒组大鼠各指标均有不同程度改善（P＜0.05，P＜0.01）；与正常组比较，模型组大鼠肾脏系膜基质增生、纤维组织增生及小管空泡变性，与模型组比较，益肾化湿颗粒组大鼠肾脏病理得到一定程度改善；鉴定出益肾化湿颗粒作用靶代谢物14个及靶mRNA 96个，靶代谢物主要富集于鞘脂代谢、甘油磷脂代谢、苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸的生物合成等20条KEGG通路；靶mRNA经KEGG富集得到与糖脂代谢密切相关的TOP 20通路，其中共涉及21个差异mRNA；血清差异代谢物与肾脏差异mRNA共同富集到甘油磷脂代谢、花生四烯酸代谢、嘌呤代谢、初级胆汁酸生物合成、抗坏血酸和醛酸代谢、半乳糖代谢等6条通路，其中共涉及磷脂酰乙醇胺（PE）等7个差异代谢物及Adcy3等7个差异mRNA。ROC结果显示7个差异代谢物有较高的预测准确性，Real-time PCR及Western blot验证结果与测序结果高度一致。结论：益肾化湿颗粒能够减轻DKD大鼠UACR、BUN等生化指标，纠正糖脂代谢紊乱，改善肾功能，其作用机制可能与调节PE等血清代谢物的水平及肾脏Phospho1等mRNA的表达有关，其中甘油磷脂代谢等6条通路可能发挥重要作用。