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信息化建设是新型农村合作医疗（以下简称新农合）提高工作成效、确保资金安全、体现“公开、公正、公平”、进行科学管理、实现民主决策的有效手段。卫生部在2003年新农合试点开始就非常重视信息化工作，先后出台了《关于新型农村合作医疗信息系统建设的指导意见》《新型农村合作医疗信息系统基本规范（2008年修订版）》等重要文件，中央财政从2004年开始为新农合信息化建设提供必要的资金支持，加上各级地方政府的高度重视，在过去几年中，新农合信息化建设进度快、覆盖广。