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基于高通量芯片对急性髓系白血病竞争内源性RNA网络的构建和分析

来源 :吉林大学学报:医学版 | 被引量 : 0次 | 上传用户：xiaogege0451

【摘 要】

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目的:构建急性髓系白血病(AML)相关的竞争内源性RNA(ceRNA)网络,探讨AML发生发展的分子机制。方法:采用NCBI的基因表达数据库(GEO)下载AML的表达矩阵(GSE96535),通过R语言的e

【作 者】

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潘玉卿 孙运艳 李轶勋 王丽英 斯南卓玛 陈睿 张曦 杜艳 

【机 构】

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昆明医科大学第一附属医院检验科云南省实验诊断研究所云南省检验医学重点实验室,云南省肿瘤医院昆明医科大学第三附属医院血液科,云南省肿瘤医院昆明医科大学第三附属医院检验科

【出 处】

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吉林大学学报:医学版

【发表日期】

：

2021年3期

【关键词】

：

生物信息学 急性髓系白血病 竞争内源性RNA 基因芯片 

【基金项目】

：

云南省科技厅应用基础研究计划重点项目(2018FA043),云南省科技厅-昆明医科大学联合专项(202001AY070001-239)。

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目的:构建急性髓系白血病(AML)相关的竞争内源性RNA(ceRNA)网络,探讨AML发生发展的分子机制。方法:采用NCBI的基因表达数据库(GEO)下载AML的表达矩阵(GSE96535),通过R语言的edgeR函数对差异表达的mRNA和长链非编码RNA(lncRNA)进行筛选。采用miRcode、miRDB、miRTarBase和TargetScan数据库预测差异表达的lncRNA与miRNA以及差异表达的mRNA与miRNA之间的调控关系。采用Cytoscape软件构建lncRNA-miRNA-mR

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