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波罗的海的富营养化可能已潜在地增加了蓝藻细菌藻华发生的频率和规模。富营养化导致有机沉积物的增加，底层缺氧状况的加剧以及随后的系统内磷负荷的加重。此外，低氧水体积呈现与无机氮库负相关的关系，提示随低氧程度的增加，总氮的消除也会增加。系统内磷负荷加重和溶解的无机氮消除的增加将导致较低的氯磷比，而低的氮磷比是促进固氮蓝藻细菌藻华发生的主要原因之一。因为波罗的海开阔水域的蓝藻细菌藻华似乎被其内部作用所强有力地调控，因此，外部营养物质消减的影响与尺度相关。在较长的时间尺度上，外部磷负荷的减少可能会降低蓝藻细菌藻华的