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应用改进的淀粉凝胶同工酶电泳技术，对２１种同工酶进行了分析，获得３２个位点，４７个等位酶基因，筛选出５个杂交水稻组合特异性等位酶标记，辅助标记鉴定标记９个，可地供试的９个杂交水稻组合进行真伪及纯度鉴定。应用该项技术每天每人可测定１６０个样品，每个样品检测成本在０．５元人民币左右。因此，应用等位酶标记适用于大样本量逐粒鉴定杂交水稻种子的真伪及纯度，并可初步区分混杂的原因，是一套可用于杂交水稻种子商业