【摘 要】
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目的:应用微小RNA(miRNA)芯片技术研究miRNAs在四氯化碳(CCl4)诱导的小鼠纤维化肝脏中的差异表达谱,并基于基因本体论(gene ontology,GO)分析及信号转导通路分析发现差异miRN
【机 构】
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上海中医药大学附属曙光医院肝病研究所;上海市中医临床重点实验室;上海中医药大学肝肾疾病病证教育部重点实验室;上海高校中医内科学E研究院;
【基金项目】
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国家自然科学基金资助项目(No.30901943;No.81270053);上海高校创新团队建设项目(第一期);国家中医药管理局中医肝胆病重点学科(No.2010sh)
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目的:应用微小RNA(miRNA)芯片技术研究miRNAs在四氯化碳(CCl4)诱导的小鼠纤维化肝脏中的差异表达谱,并基于基因本体论(gene ontology,GO)分析及信号转导通路分析发现差异miRNAs的主要功能。方法:实验分为正常组及模型组,皮下注射CCl4复制小鼠肝纤维化模型;应用Agilent小鼠miRNA寡核苷酸基因芯片检测各组肝脏miRNA表达谱。用随机方差模型t检验筛选2组间的差异miRNAs,并预测其靶基因。对靶基因进行GO分析及信号转导通路分析发现差异miRNAs发挥的主要功能。结果:正常组与模型组间共筛选出39个差异miRNAs,其中模型组较正常组上调的23个,下调的16个。GO分析及信号转导通路分析结果提示差异miRNAs可能调控的靶基因及其参与的生物学功能包括细胞的增殖与活化、细胞凋亡、细胞周期、细胞黏附、细胞迁移、炎症反应、转化生长因子β(TGF-β)/Smads信号转导通路、Wnt受体信号转导通路、蛋白代谢过程的调控等。GO分析发现关键的上调miRNA包括mmu-miR-322、mmu-miR-15b、mmu-miR-195、mmu-miR-200b、mmu-miR-214等,关键的下调miRNA包括mmu-miR-16、mmu-miR-130a、mmu-miR-101b、mmu-miR-30a和mmu-miR-30e等。对显著性GO与显著性信号通路所属的靶基因取交集,对网络中miRNA在网络中的调控地位进行评价,结果发现关键的上调miRNAs包括mmu-miR-200b、mmu-miR-322、mmu-miR-106b、mmu-miR-23a、mmu-miR-15b等,关键的下调miRNAs包括mmu-miR-16、mmu-miR-30e、mmu-miR-30c、mmu-miR-30a、mmu-miR-130a等。结论:纤维化肝组织miRNAs表达较正常肝组织发生明显变化;肝纤维化形成的各个环节,包括细胞的增殖与活化、细胞黏附、细胞凋亡、细胞迁移与分化、物质代谢、TGF-β信号通路等都可能受miRNAs的调控。
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