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针对近年来由于广谱抗菌药物广泛应用于临床所导致的耐药菌不断增多、难治性和重症呼吸道感染亦随之增多的问题，南京军区总医院于近几年开展了呼吸道感染抗菌药物的合理应用研究。该项研究的内容主要包括抗菌药物的药代动力学及临床应用、抗菌药物与其他合用药物的相互作用、临床常用及新型抗菌药物的不良反应、呼吸道感染菌群的监测和耐药性分析、少见难治性呼吸道感染的治疗。