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染色体介导的与青霉素及与四环素耐药相关的主要位点包括penA、ponA、penB、penC、mtr及tet。青霉素结合蛋白中出现镶嵌状结构是头孢菌素低敏的原因之一:喹诺酮耐药决定区gyrA和parC不同的位点突变导致喹诺酮耐药。淋球菌对大观霉素高度耐药是由于spe位点单步突变所致。多重耐药与多种位点突变相关。