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目的了解丙型肝炎病毒(HCV)2a型基因组E1 E2/NS1区序列,为进一步研究HCV包膜蛋白的生物学功能奠定基础.方法用逆转录套式PCR(RT-nPCR)从江苏省1例丙型肝炎患者血清中扩增出两条分别约770 bp、1 100 bp的片段,分别以限制性内切酶EcoR Ⅰ、BamH Ⅰ和EcoR Ⅰ、Hind Ⅲ双酶切后连入pUC19载体中,转化感受态细胞,经限制性酶切长度多态性分析(RFLP)和PCR法证实为阳性克隆后,用全自动序列分析仪测序.结果分别测得约770 bp、1 100 bp的核苷酸序列,拼接后得到的完整核苷酸序列及其编码的氨基酸序列分别与HCV-1、HC-C2、HCV-BK、HC-J6、HC-J8相应序列作比较,显示分离株HCV在核苷酸水平上与以上分离株的同源性分别为60.5%、60.1%、59.7%、87.8%、67.5%;在氨基酸水平上的同源性分别为67.3%、66.4%、65.0%、87.8%、79.0%.结论分离株(HCV-JS)与HC-J6同属2a型,但同源性有一定差异.