长期以来,由于部门利益导向不同导致不同管理部门制定出的政策互相矛盾、水权不明导致水价难以体现资源的稀缺性、制度设计缺陷导致污染治理出现不少死角、评价体系的标准太随意而且评价指标口径不统一使得监管失灵、以及对水资源与水环境问题认识的片面性和局限性等问题,使得我国对水资源利用与水环境保护的研究离科学发展观的要求还有一定距离,基于这些研究而制定的水资源利用与水环境保护的法规、政策、措施和方案并没有达到预期的效果,结果导致我国的水资源利用与水环境保护至今还没有摆脱"局部改善、整体恶化"的被动局面。其中的认识问题可以随着研究的深入而逐步改善;污染治理的死角及评价标准和指标口径问题属于制度设计的缺陷,也可以随着认识的深化逐步得到完善;而部门利益导向问题和水权问题则是体制的缺陷造成的,必须通过深化体制改革才有可能得到解决。