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氨基酸生物配比是构成蛋白质20种氨基酸的应用频率,利用氨基酸生物配比可获得群体平均密码子差数的估计值,以分析群体的分化进程。两个群体分化的遗传距离D其中Ci=两群体第i种氨基酸应用频率之差;两群体的分化时间—D),其中a=每位置上氨基酸每年的替换概率。通过对27个物种(400个样本)氨基酸生物配比的分化距离进行了测定,结果显示出不同组织器官的分化是不同步的。水稻和小麦种子的遗传距离为0.0107,而其茎叶的遗传距离只有0.0012,相对分化时间种于是茎叶的0.79倍;猪的血液和毛发的分化时间是其肌肉和血液