【摘 要】
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为从大量的序列中快速发掘和利用简单序列重复(微卫星,SSRs),开发了一个软件工具——AutoSSR。该软件能够从一个包括大量FASTA格式的序列文件中发掘SSR,并分析不同SSRs类型的
【机 构】
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南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室; 山西省农业科学院棉花研究所; 山西省农业科学研究院;
【基金项目】
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Grants Visiting Scholar Project from the National Lab in Nanjing Agricultural University (ZW2007005);the National High-tech Program(2006AA10Z111);the Program for New Century Excellent Talents in Uni
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为从大量的序列中快速发掘和利用简单序列重复(微卫星,SSRs),开发了一个软件工具——AutoSSR。该软件能够从一个包括大量FASTA格式的序列文件中发掘SSR,并分析不同SSRs类型的分布状况。与已开发的类似软件相比,该软件可以不受序列数量和不同系统平台的限制,高效、快速完成SSR信息的搜索和分析。利用该软件对GenBank上释放的来源于棉花、苹果和水稻的DNA序列进行了SSR发掘,得到了36000个SSRs。其中,对来源于棉花的SSRs信息,进一步利用Primer 3软件开发了位点特异性引物,为棉花基因组分析奠定了基础。
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