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信道估计是OFDM水下通信相干解调的必要步骤。通过插入位置已知的导频信息，OFDM接收机可以知道水声信道在导频位置的频率响应。根据插入导频位置的不同，信道估计的性能也有很大的差异。块状、梳状和分散型3种导频分布方式被证明分别适用于不同的水声信道环境。水声信道可以看做是一个梳状滤波器，通过信道估计可以得到试验信道的通带和阻带。阻带的信道估计错误往往要大于通带，尤其是当信道的相干带宽较小时，这种现象则更为明显。子载波间干扰会对信道估计性能造成很大影响，利用改进的变换域滤波器导频降噪方法可以有效地降低这种影响。