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水源涵养生态功能区全国共有水源涵养生态功能三级区50个，面积共计238．26万km^2。占总面积的24．8％。该类型区的主要生态问题：人类浯动干扰强度大：生态系统结构单一，生态功能衰退；森林资源过度利用、天然草原过度放牧等导致植被破坏、土地沙化、土壤侵蚀严重；湿地萎缩、面积减少；冰川后退，雪线上升。