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离开晶格模型的 3 尺寸 HPNX 从 2 尺寸 HPofflattice 模型被开发。在 HP 模型，氨基酸单体的 20 种类型被划分成二个班， H (非极的单体) 和 P (极的单体) 。在 HPNX 模型，极的单体断然被分成控告的(P) ，否定地控告的(N) 和中立(X) 单体。一个新进化算法被使用学习 HPNX 的长链离开格子蛋白质模型。这个方法成功地在类似于 X 光检查晶体学和 NMR 得到并且在 PDB (蛋白质数据银行) 出版的结构的 3 尺寸空格预言几蛋白质的结构。