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化学地层学因其交叉学科特点和研究对象的复杂性使得研究过程中任何一个环节的不足都将造成测试出现偏差，成果的可信度也将出现问题。高昂的成本也要求研究者把有限的资源集中到正确的目标上。近20年研究历程却恰恰将此类性质的问题陆续暴露了出来。如采样阶段获取原生性状考虑不充分或依据不足、测试阶段缺乏校验、数据分析阶段挖潜和综合利用有待完善以及化学岩、碎屑岩和生物岩各自的基础性和针对性研究有待提高等。有些问题带有相当程度的普遍性，有些甚至是严重的核心技术问题。笔者结合最新相关研究成果对上述问题进行了逐一分析和系统修正。