【摘 要】
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分析半枫荷转录组中的SSR位点信息,并设计简单重复序列(SSR)引物,以期为半枫荷EST-SSR分子标记提供有力工具.利用MISA工具筛选了半枫荷转录组测序获得的77 629条Unigenes,对
【机 构】
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福建农林大学林学院,福州,350002;福建省林业科学研究院,林业生物技术研究开发中心,福州,350012
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分析半枫荷转录组中的SSR位点信息,并设计简单重复序列(SSR)引物,以期为半枫荷EST-SSR分子标记提供有力工具.利用MISA工具筛选了半枫荷转录组测序获得的77 629条Unigenes,对其SSR位点信息进行了分析;在此基础上利用Primer 3.0设计SSR引物,并随机选择50对SSR引物对4株不同来源的半枫荷进行多态性扩增分析.在半枫荷的转录组中,共找到15 041个SSRs,分布于10 669条Unigenes,SSR位点发生频率为13.74％,含多个位点的序列数为3 114,占SSRs位点总数的29.19％,以复合形式出现的位点数2 044个,占SSRs位点总数的19.16％,SSRs的平均距离是3.2 kb.SSRs位点中二碱基重复是主要类型,占总SSRs的42.17％;其次是单碱基重复基序(38.25％) SSR.所包含的重复基元中,单碱基重复基元A/T(5 572),二碱基重复基元AG/CT(4 845)是优势重复基元类型,分别占总SSRs的37.05％、32.21％.利用Primer 3共设计出28 590对SSR引物.随机选择50对引物进行PCR扩增,其中44对(88.0％)扩增出清晰、可重复的条带,15对(34.1％)扩增条带表现出多态性.半枫荷转录组SSR位点出现频率高,类型丰富;大量的SSR为其遗传多样性分析、分子标记辅助育种和遗传图谱构建提供了丰富的候选分子标记.
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