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本文分析了DNA编码序列设计的目标及需要满足的约束条件H—measure、连续性、相似度、发夹结构、GC含量等约束，建立一种组合优化评价模型，通过引入基于权重的适应度函数来评价DNA序列集合的优劣，最后提出基于该模型的离散粒子群优化算法（DPSO）生成有效的DNA编码序列。根据优化问题的约束条件及离散量的特点，对粒子的位置、速度等量及运算规则进行了重新定义。实验结果对比表明，本文所述DPSO算法生成的DNA编码序列具有较高的质量。