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目的 通过研究肽脱甲酰酶与配基相互作用，来模拟化合物的活性的规律，为设计酶抑制剂提供理论基础。方法 采用分子对接方法得到肽脱甲酰酶（1bs8）与两个典型配体（act和ro06）的对接结构，然后用分子动力学方法对复合结构分别进行了50ps的模拟。结果 Act和ro06与受体的相互作用总能量分别为-70．552和-50．198（kcal／mol），其中，范德华作用力分辨为-46．848和-38．148（kcal／mol），静电相互作用力分别为-23．704和-12．050（kcal／mol）。