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针对供应链中制造商和供应商之间的合作研发问题，用博弈论的方法对最优的合作研发方案进行了研究，分别分析了非合作博弈和合作博弈两种情况下的供应链系统以及供应商和制造商的研发费用投入、合作补贴政策及利润的差异，证明了协同合作可以达到双赢的局面，采用Nash讨价还价和效用理论得出了Pareto改进情况下的最优结果。