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乌鲁木齐河源区植被有高山草甸和高山垫状植被两个垂直带。主要植物群系包括苔草草甸、嵩草草甸、高山莓群系、高山红景天群系、柔籽草群系等,有17类植物群落。区内表土花粉组合较好地反映了高山草甸和高山垫状植被两个垂直带,但难以准确反映不同植物群系间的区别。云杉属、麻黄属、蒿属、藜科花粉在此区明显是超代表性花粉,而多数建群草本植物花粉R值远小于1,是低代表性花粉。