根际真菌在植物生长和健康方面具有非常重要的作用，然而由于分离和培养技术的限制，对根际真菌群落、多样性及功能仍缺乏认识。为明确不同植物根际真菌群落的结构与差异，揭示其潜在的生态功能，采用Illumina MiSeq技术对马蔺、葡萄、大豆、玉米等五种植物根际真菌ITS rRNA基因的ITS2区进行高通量测序，并利用FUNGuild对其功能进行预测分析。结果显示，5种植物根际中80%以上的真菌序列划分到17–45个OTUs中，优势菌门为子囊菌门，优势菌纲为座囊菌纲和粪壳菌纲等；这五种植物根际真菌群落各自聚群，其香浓指数（Shannon）和丰富度（Chao1）从大到小依次为木瓜>马蔺>葡萄>大豆>玉米；在获得的1290个OUTs中，49.76%的OTUs归属于8个功能类群，其中腐生菌约占总OTUs数的25.89%，是主要功能类群，其次是病原菌/腐生/共生过渡型、植物病原体等，葡萄、木瓜和马蔺根际中腐生菌显著高于大豆和玉米。本研究表明木瓜、马蔺和常见植物根际真菌的群落结构和多样性不同，一年生作物的根际真菌多样性小于多年生植物，进而也表明根际真菌群落及其生态功能受到植物的生活周期或类型的影响。