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利用SSR方法对16个扁桃品种、1个榆叶梅品种和1个晚熟毛桃进行了基因组多态性分析，从15对引物中筛选出12对多态性、稳定性较好的引物用于正式试验，12对引物在18个供试品种中共扩增出80条DNA谱带，平均每对引物扩增出5～6条，用W0622106、W0622114、W0622094、W0622116等4对引物可以鉴别18个供试品种中的17个品种，根据SSR分析结果，应用NTSYS软件进行相似性系数计算，利用UPGMA法构建聚类树状图。供试扁桃品种可分为5个类群，与传统的系谱有一定的误差。