【摘 要】
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目的 运用生物信息学方法预测分析冈田绕眼果蝇丝氨酸蛋白酶抑制蛋白(serine protease inhibitor,Serpin)的结构与功能. 方法 基于冈田绕眼果蝇转录组数据分析,筛选出高差异
【机 构】
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黔南民族医学高等专科学校,贵州都匀558000;遵义医科大学寄生虫学教研室,贵州遵义563003
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目的 运用生物信息学方法预测分析冈田绕眼果蝇丝氨酸蛋白酶抑制蛋白(serine protease inhibitor,Serpin)的结构与功能. 方法 基于冈田绕眼果蝇转录组数据分析,筛选出高差异表达的Serpin基因;利用在线软件TMHMM、ProtScale、Signal分别预测Serpin跨膜结构域、亲/疏水性、信号肽;运用NetPhos、SOPMA、SWISS-MODEL等工具预测Serpin潜在的磷酸化位点以及二、三级结构;利用MEGA5.0软件构建其系统进化树,通过STRING数据库对其互作蛋白网络进行预测,利用KEGG数据库对Serpin进行相关通路预测分析. 结果 从冈田绕眼果蝇转录组数据库中筛选出1条具有完整编码区的丝氨酸蛋白酶抑制蛋白序列,其基因全长1 940 bp,开放阅读框为1 344 bp,编码448个氨基酸;预测该基因编码蛋白相对分子质量约为49.28×10 5,为分泌蛋白;无信号肽,含有跨膜结构域,蛋白局部亲水性好,有潜在的磷酸化位点;二级结构分析显示,该蛋白无规则卷曲所占比例较高,为36.52％,三级结构所建模型准确可靠;系统进化分析显示,冈田绕眼果蝇Serpin与拟暗果蝇(Drosophila pseudoobscura)Serpin同源性100％,与黑腹果蝇(Drosophila melanogaster) Serpin同源性为73.8％,表明与上述果蝇亲缘关系较近.STRING数据库中鉴定出8种蛋白与Serpin具有相互作用,KEGG数据库显示13条与Serpin相关的信号通路. 结论 从冈田绕眼果蝇转录组数据库中筛选出1条丝氨酸蛋白酶抑制蛋白基因,生物信息学分析其编码蛋白为分泌蛋白,含有潜在的磷酸化位点,为该蛋白的生物学功能研究及冈田绕眼果蝇的防治研究奠定了基础.
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