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过去的分税制改革所确立的财政转移支付制度不能适应人口、环境、资源等方面的协调发展,虽然财政转移支付制度和专项基金等政策对建立生态补偿机制具有重要作用,但现行转移支付制度还不能完全适应作为国家重点生态功能区的西部地区转移支付的需要,西部地区依然面临着保护和发展的现实困境。本文通过对新疆生态补偿与财政转移支付的现状和存在问题进行分析,并与西部地区整体情况进行对比,提出了应改革现有财政转移支付体系,并逐渐完善以生态补偿为主的财政转移支付制度的政策建议。