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2004年4月,伴随着日本国立大学独立行政法人化改革的正式启动,日本政府对国立大学的管理由直接管理转变为依据目标实施间接管理,由具体的办学过程管理转变为宏观政策制定、认证评估和经费拨付的监管。同时,日本国立大学内部管理体制也发生了巨大变革,新成立了理事会、经营协议会和教育研究评议会三大管理组织。法人化改革后,日本政府重新构建了国立大学的治理结构。